临床上有急性脑膜刺激症状。并有河水接触史或游泳史、应怀疑本病。脑脊液呈脓性或血性，应生理盐水涂片镜检阿米巴原虫即可确诊。取脑脊液或病变组织进行培养或动物接种，或采用免疫诊断可提供诊断依据，但只能用于慢性病例。尸体剖检对本病的确诊有重要意义。
棘阿米巴引起的肉芽肿性阿米巴脑炎的诊断较困难，因在脑脊液中均未发现滋养体，所以需要做病灶活检和组织学检查。
流行与防治本病呈世界性分布，已有病例报告的国家有：中国、澳大利亚、新西兰、美国、巴拿马、波多黎各、委内端拉、巴西、北爱尔兰、比利时、捷克、尼日利亚、乌干达、赞比亚、印度和朝鲜。原发性阿米巴脑膜脑炎己超过130例，肉芽肿性阿米巴脑炎至少已有30例。中国月前正式报告已有两例。原发性阿米巴脑膜脑炎多发生于健康的儿童和青年，都有近期游泳史，在夏季高温季节多见。肉芽肿性阿米巴脑炎多发生于免疫抑制病人，感染前有头或眼部受伤史或其它诱因。无明显发病季节。
治疗尚缺乏理想药物，两性霉素B( amphotericin B) 和磺胺可能有一定疗效。预防也缺乏有效措施，加强水源检查，进行水体消毒，避免接触疫水（30℃以上疫水更要注意）可以防止感染。此外加强锻炼，注意营养，增强机体免疫力也很重要。
