有肠内、肠外两大类。肠外并发症将在肝阿米巴病及其他少见肠外阿米巴病中叙述。以下系指阿米巴病的肠内并发症。
1．肠穿孔：此系肠阿米巴病威胁生命最大的并发症。穿孔可因肠壁病变使肠腔内容物渗入腹腔酿成局限性或弥漫性腹膜炎或腹腔脓肿，亦偶因直肠镜检查时外伤性穿破而造成。弥漫性腹膜炎较多见，预后不良。肠壁深溃疡大多引起慢性穿孔，部位多在盲肠、阑尾。外伤性穿孔多见于直肠。
2．肠出血深部溃疡：可以侵蚀血管，引起大小不等的肠出血，大出血威胁生命，必须积极抢救并给予抗阿米巴药物治疗。
3．阑尾炎：阿米巴可侵袭阑尾，临床上表现与一般阑尾炎相似的症状，偶可成为肠阿米巴病首先出现的症状，易发生穿孔。
4．阿米巴瘤：阿米巴溃疡深入肌层，病变影响整个肠腔，产生大量肉芽组织，可形主能摸及的大肿块，多位于盲肠，亦见于横结肠、直肠及肛门，极似肿瘤，不易与肠癌区别。偶可引起肠梗阻。
5．其他阿米巴痢疾反复发作后可引起溃疡性结肠炎。有时出现肠套叠，大多位子盲肠结肠交界，可有剧痛与块状物摸及。结肠狭窄在慢性阿米巴痢疾后可出现，但较少见。
6、肝阿米巴病：是指溶组织内阿米巴通过门静脉到达肝脏，引起肝细胞溶化坏死，成为脓肿，通常称为阿米巴肝脓肿，为肠阿米巴病最多见的并发症，以长期发热、自细胞增加、全身消耗及肝脏肿大与压痛为其主要症状，并易于导致胸部并发症。约半数的阿米巴肝脓肿患者自一周至数年前曾有患类似阿米巴痢疾史。
