马可罗尼企鹅1837年由德国自然科学家约翰·弗里德里希·冯·勃兰特（JohannFriedrichvonBrandt）命名，它的学名“chrysolophus”取自古希腊语，为“金色头冠”之意，这是因为马可罗尼企鹅头顶上有一束标志性的金色羽毛。
而“马可罗尼”音译自于英文通用名“Macaroni”，这种英文叫法源自于英国探险家，因为在发现马可罗尼企鹅的18世纪，该词泛指一群崇尚意大利文化、生活奢侈、打扮时髦的英国花花公子，应该是马可罗尼头顶上那束显著的金色羽毛与这些花花公子的发型十分相似，因此也得到了同样的名称。
马可罗尼企鹅的另一个名称“长冠企鹅”，同样是根据它们的显著特征——头顶的长长的金色羽毛而来。
在分类上，线粒体和细胞核的DNA证据表明，马可罗尼企鹅是1500万年前从与他亲缘关系最近的帝企鹅分支出来。马可罗尼企鹅与帝企鹅外形十分相似，但马可罗尼企鹅面部为黑色，而帝企鹅面部为白色。
