当然有效。
国家食品药品监管总局在关于贯彻实施《食品生产许可管理办法》的通知（食药监食监一〔2015〕225号）中明确了“关于《办法》与原有规章制度的关系问题”，具体如下：
（一）《办法》实施后，食品生产许可申请、受理、审查、决定和证书的发放、变更、延续、补办、注销,以及食品药品监督管理部门开展食品生产许可工作监督检查等，严格按照《办法》的规定执行。
（二）在新的生产许可审查通则、细则修订出台前，原有的生产许可审查通则和细则继续有效，但是有关申请材料、许可程序、许可时限、发证检验等内容与《办法》不一致的，应当以《办法》规定为准。
