根据上述职责，省水利厅内设10个职能处室。
（一）办公室（党委办公室）。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、保密、信访、政务公开等工作。
（二）计划财务处。
拟订水利战略规划，组织编制主要水利综合规划、专业规划和专项规划；审核重点水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计；指导水工程建设项目合规性审查工作；负责提出中央和省级财政性资金安排意见，提出中央和省级水利建设投资安排建议；编制省级水利部门预算；承担机关并指导直属单位的财务管理工作；承担中央、省级水利资金和国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议；承办水利统计工作。
（三）政策法规处。
起草地方性水利法规和规章并监督实施；拟订水利工作政策；指导水利行政许可工作并监督检查；承办省水行政部门行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；负责全省河道采砂的管理和监督检查工作。
（四）水资源处（省节约用水办公室）。
组织实施取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；拟订水量分配方案、水功能区划并监督实施，指导水资源调度工作；组织编制水资源保护规划，负责饮用水水源保护；组织编制城市供水的水源规划，指导城市防洪、污水处理回用等非传统水资源开发的工作；负责入河排污口监督管理；指导计划用水和节约用水工作。
（五）对外合作与科技处。
负责水利行业对外经济、技术合作与交流；拟订全省水利行业技术标准、规程规范，监督行业标准和规程规范的实施；组织重要水利科学研究、技术引进和科技推广。
（六）建设与管理处。
指导水利设施、水域及其岸线的管理和保护；指导江河湖泊及滩涂的治理和开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导水利建设市场的监督管理；负责省属水利设施、省管河道湖泊的水域及其岸线的管理与保护；负责农村小水电的管理和监督。
（七）水土保持处（省水土保持委员会办公室）。
承担水土流失综合防治工作；组织编制水土保持规划并监督实施；组织水土流失监测、预报并公告；审核大中型开发建设项目水土保持方案并监督实施。
（八）农村水利处（省农村饮水工作领导小组办公室）。
组织协调全省农田水利基本建设；负责农村饮水安全、节水灌溉、排水及雨洪资源利用等工程建设与管理；指导农村水利社会化服务体系建设。
（九）安全监督处。
承担水利行业安全生产工作；指导水库、水电站大坝的安全监督管理，组织实施水利工程质量和安全监督管理；承担重大涉水违法事件的查处，协调跨区域、跨流域间水事纠纷；指导水政监察和水行政执法工作。
（十）人事处。
负责机关和直属单位的人事、机构编制、教育培训等管理工作；负责水利体制改革的有关工作。
省防汛抗旱总指挥部办公室。承担省防汛抗旱总指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全省防汛抗旱工作；负责实施防汛抗旱调度和应急水量调度；组织拟订并实施全省防汛抗旱应急预案、防御洪水预案和水工程度汛方案及相关预案；负责全省水旱灾情发布；组织、协调、指导台风与山洪等灾害防御工作；负责蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作；负责洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。
离退休干部处。负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
直属机关党委（宣传处）。负责厅机关、直属单位的党群和宣传工作。
纪委（监察室）。监察室为省监察厅的派驻机构。
