发放年终奖应该单独作为一个月工资，计算征收个人所得税。在计算时，可以将年终一次性奖金除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数，发放当月不足扣除额的可以先补足扣除额后再进行计算。计算方法只能用一次，是自然年度。
例如：年终奖发了12000元，当月工资1100元，那么先补足扣除额500元，然后按12000元除以12个月为1000元，适用10%，应缴税款为12000*10%-25=1175元。
你现在发5000元年终奖，当月工资暂时按超过1600元计算，那么5000元就直接除12个月为416.67元，适用5%税率，应缴纳税款=5000*5%=250元
