D40由于无机身马达，只能使用尼康的AF-S镜头和适马的HSM镜头才能自动对焦，其他镜头在D40上无法自动对焦。
而目前尼康的23款AF-S镜头中还没有标准镜头，
适马的中有一款30mmF1.4 EX DC HSM，焦距转换后45mm，是最接近50mm标头的焦距。还有刚推出的一款APO 50-150mm F2.8 EX DC HSM 包含传统的50mm焦段，焦距转换后75-225mm是类似胶片机上70-200的焦段，非常实用。
腾龙的镜头在D40上都无法自动对焦。
附：目前D40上能自动对焦的所有镜头列表：
D40能够使用的23款尼康原厂镜头列表：
AF-S DX 18-55mm f/3.5-5.6G ED II
AF-S DX 18-135mm f/3.5-5.6G IF-ED
AF-S DX VR 18-200mm f/3.5-5.6G IF-ED
AF-S DX 55-200mm f/4-5.6 G ED
AF-S DX 18-55mm f/3.5-5.6G ED
AF-S DX 12-24mm f/4G IF-ED
AF-S DX 17-55mm f/2.8G IF-ED
AF-S DX 18-70mm f/3.5-4.5G IF-ED
AF-S VR 70-300mm f/4.5-5.6G IF-ED
AF-S 24-85mm f/3.5-4.5G IF-ED
AF-S 17-35mm f/2.8D IF-ED
AF-S 28-70mm f/2.8D IF-ED
AF-S VR 24-120mm f/3.5-5.6G IF-ED
AF-S VR 70-200mm f/2.8G IF-ED
AF-S VR 200-400mm f/4G IF-ED
AF-S 400mm f/2.8D IF-ED II
AF-S 500mm f/4D IF-ED II
AF-S 300mm f/4D IF-ED
AF-S VR 200mm f/2G IF-ED
AF-S VR 300mm f/2.8G IF-ED
AF-S 300mm f/2.8D IF-ED II
AF-S 600mm f/4D IF-ED II
AF-S VR 105mm f/2.8G IF-ED
D40能够使用的15款适马镜头列表：
30mmF1.4 EX DC HSM
10-20mmF4-5.6 EX DC HSM
APO 50-150mm F2.8 EX DC HSM
17-35mmF2.8-4EX HSM DG
APO50-500mmF4-6.3EX HSM DG
APO70-200mmF2.8EX HSM DG微距
APO80-400mmF4.5-5.6EX HSM DG
APO 150mmF2.8EX HSM DG 微距
APO 180mmF2.8EX HSM DG 微距
APO 300mmF2.8EX HSM DG
APO 500mmF4.5EX HSM DG
APO 800mmF5.6EX HSM DG
APO100-300mmF4EX HSM DG
APO120-300mmF2.8EX HSM DG
APO300-800mmF5.6EX HSM DG
