医学上重要的抗原的医学意义：
1. 病原微生物及各种生物疫苗
刺激机体可产生抗体，临床上可通过检测抗体诊断相关的疾病；亦可将病原微生物制成疫苗，用于预防疾病。
2. 细菌外毒素和类毒素
（1）外毒素通常指对应抗体或含有这种抗体的免疫血清。它能中和相对应的外毒素的毒性作用。相当于抗体。
（2）类毒素广泛地应用于预防某些传染病。相当于疫苗，用于免疫预防接种。
3. 动物免疫血清
人工制4a-的抗毒素如破伤风抗毒素由马血清制备，对人而言，既含特异性抗体可中和毒素，又含异种动物蛋白可引起超敏反应。在应用抗毒素前应做皮试判断有无过敏现象。
4. 异嗜性抗原
引起免疫病理损伤的物质基础；借助嗜性抗原辅助临床诊断。
5. 同种异型抗原
在输血和器官移植前应进行血型鉴定或组织配型以避免发生输血反应和移植排斥反应。
6. 自身抗原
临床遇到多脏器受累，而又找不到感染或者肿瘤证据时，需要考虑到自身免疫病，而初筛自身免疫病时首先要检查的就是抗核抗体（ANA），即自身抗体的一类。
7. 肿瘤抗原
（1）肿瘤特异性抗原目前只有少数肿瘤, 如人黑色素瘤、结肠癌等肿瘤细胞表面证明有肿瘤特异性抗原存在。
（2）肿瘤相关抗原: 如病人血清中AFP 含量显著增高, 因此检查中AFP 含量, 可作为原发生性肝癌或畸胎瘤的辅助诊断。测定血清CEA, 有助于结肠癌的辅助诊断。
