奶茶中的珍珠是台湾的特产，俗称“粉圆”。由地瓜（即蕃薯）粉、太白粉或木薯粉精制而成，咬时不粘牙又有韧性。黑白两色是原料的搭配不同，白色是淀粉的原味，还有红色橙色等。
珍珠奶茶粉圆在加入奶茶之前，通常还会先浸泡糖浆，确保粉圆在偏甜的奶茶中，仍可以保持甜味。奶茶的基底通常使用红茶，但也有店家提供使用绿茶的珍珠奶茶(称为珍珠绿奶或珍珠奶绿)。也有许多店家以咖啡冻、豆花、布丁、仙草、等类似口感的食物添加进奶茶里，让客人自由选择以增加口感。
至于"珍珠"，一般使用较大颗粒的粉圆，烹煮后的直径约7mm以上，否则粉圆太小，用一般口径大的茶饮吸管时容易变得"满嘴珍珠"，也不方便品尝圆润香Q的咬劲。有一阵，南台湾的泡沫红茶店将使用大颗粒粉圆的珍珠奶茶称为"波霸奶茶"，而用小颗粉圆的称为"珍珠奶茶"。但在北台湾，珍奶店通常只卖"珍珠奶茶"，都使用大颗粉圆，后来变成了全岛统一的通称和规格。
