依据《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》(国税发[1999]178号)和《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》(财税[2001]157号)这两个文件进行计算。
国税发[1999]178号文件主要规定：
(1)个人取得的一次性经济补偿金可以在一定期限内进行平均，以降低“月应纳税所得额”;
(2)具体期限为“个人在本企业的工作年限数”;
(3)工作年限超过12个月的，依照12个月计算;
(4)“月应纳所得额”还应扣除个人应缴的“四金”部分;
(5)经上述平均计算之后得出“月应纳所得额”，再依照《个人所得税法》计算应缴税款;
财税[2001]157号文件在前述规定的基础上再作了征免处理，主要规定：
(1)经济补偿金等在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;
(2)企业依照国家有关法律规定宣告破产，企业职工从该破产企业取得的一次性安置费收入，免征个人所得税。
同时，根据2008年1月1日实施的《劳动合同法》之85、87等条款之规定，现除经济补偿金外还出现了“赔偿金”之概念。从目前司法实践来看，赔偿金也可依照上述规定计缴税款。
公式为：
应代为扣缴的个人所得税={[(经济补偿金总收入-当地上年职工平均工资的3倍-实际缴存的社会保险费和住房公积金)÷本单位的工作年限-个人所得税扣除额]×适用税率-速算扣除数}×本单位的工作年限
案例：上海某企业员工A在原工作单位B已工作满4年零7个月。现B单方面解除劳动合同，双方因解除劳动合同经济补偿金问题发生争议。经司法机关介入，在2009年12月20日作出终审判决，判令原单位向A支付人民币26万元经济补偿金。
在上述案件中，缴税金额计算如下：
上海市2008年度全市职工年平均工资为39502元，月平均工资为3292元。39502元×3倍=118506元。
A在B处工作年限为4年零7个月，比照《劳动合同法》第47条之规定，“本单位工作的年限……六个月以上不满一年的，按一年计算”,故计为5年。
A应纳税所得额为：(260000元-118506元)/5年-2000元=26298.8元。
根据速算公式：26298.8元×25%(税率)-1375元(速算扣除数)=5199.7元
5199.7×5=25998.5元
即A总共需缴纳税款人民币25998.5元，约占经济补偿总额的10%。
注：3倍工资的标准以纳税地计算，而非员工的工作地。实操当中如确有员工的经济补偿金超过纳税地上年度工资3倍的，需要和账务中心确认后才操作。
附1：
国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知
国税发[1999]178号
各省、自治区、直辖市和计划单列市地方税务局：
近接一些地区请示，要求对企业在改组、改制或减员增效过程中，解除职工的劳动合同而支付给被解聘职工的一次性经济补偿金征收个人所得税政策加以明确。经研究，现规定如下：
一、对于个人因解除劳动合同而取得一次性经济补偿收入，应按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。
二、考虑到个人取得的一次性经济补偿收入数额较大，而且被解聘的人员可能在一段时间内没有固定收入，因此，对于个人取得的一次性经济补偿收入，可视为一次取得数月的工资、薪金收入，允许在一定期限内进行平均。具体平均办法为：以个人取得的一次性经济补偿收入，除以个人在本企业的工作年限数，以其商数作为个人的月工资、薪金收入，按照税法规定计算缴纳个人所得税。个人在本企业的工作年限数按实际工作年限数计算，超过12年的按12计算。
