对单位负责人管理意识的冲击
政府会计改革的核心，是由原来以收付实现制为基础的预算会计制度体系，变革为“双基础”“双分录”“双报告”的预算会计和财务会计相互分离又互相衔接的会计制度体系。虽然从表面上看，仅仅只是由于会计基本假设变化导致的会计核算体系变化，但是在会计假设前提变更的背后，是对单位负责人管理意识的冲击。
例如，在权责发生制为基础的财务会计体系下，行政事业单位实现了全成本核算。资产的折旧需计入日常费用核算，意味着以前“占山为王”“多拿多占”配置资产的观念会导致“占有资产越多，相应的资产折旧费用就越多”。而在评价单位绩效时，占有的资产量多也许并不是一件“好事情”。特别是在政府综合财务报告需进行审计和公开的背景下，作为反映单位财务情况的载体，财务报表的主要内容是由单位负责人决定的，而不是财务人员决定。行政事业单位如何应对新旧衔接，特别是如何在新制度体系下做好单位顶层设计安排，都是有待于单位负责人认真思考的课题。
