单位财务会计核算实行权责发生制，预算会计核算实行收付实现制。与现行行政事业单位会计制度相比，本制度采用了“政府预算会计和财务会计适度分离又相互衔接的核算模式”。
关于“适度分离”，主要体现在：
一是“ 双功能 ”，即在同一会计核算系统中实现财务会计和预算会计双重功能，通过资产、负债、净资产、收入、费用五个要素进行财务会计核算，通过预算收入、预算支出和预算结余三个要素进行预算会计核算。这样在完善预算会计功能基础上，强化财务会计功能，更加完整地反映政府会计信息。
二是“双基础”，即财务会计采用权责发生制，预算会计采用收付实现制。但是，根据相关起草原则，财务会计中对于财政拨款收入按照收付实现制核算；预算会计中对于质量保证金、专用基金的核算也部分采用了权责发生制基础。这是兼顾了当前实际情况和长远改革方向的制度安排，使得政府会计核算既能反映预算收支等预算管理所需信息，又能反映资产、负债、运行成本等财务管理所需信息。
三是“双报告”，即通过财务会计核算形成财务报告，通过预算会计核算形成决算报告。
关于“相互衔接”，主要体现在：
一是对纳入部门预算管理的现金收支进行 “平行记账” 。即，对于纳入部门预算管理的现金收支业务，在进行财务会计核算的同时，也需进行预算会计核算。对于其他业务，仅需要进行财务会计核算。
二是净资产要素与预算结余要素保持衔接。即净资产项目中“限定性净资产”等于预算结余项目中的“财政拨款结转”、“财政拨款结余”、“非财政拨款结转”、“专用基金”四者之和，反映单位具有限定用途的资金金额。
三是财务报表与决算报表之间存在勾稽关系。即通过编制“预算结余与净资产变动差异调节表”，反映本期预算结余（即本期预算收入减去预算支出的净额）与本期盈余（即本期收入减去费用后的净额）和本期其他净资产变动数之间的调整过程，从而揭示财务会计和预算会计的内在联系。
本制度主要内容共分为六部分，分别是：总说明、会计科目名称和编号、会计科目使用说明、主要业务账务处理说明、会计报表格式以及会计报表编制说明。其中，会计科目使用说明是制度的核心内容，主要对102个一级会计科目的核算内容、明细核算要求及其相关账务处理进行了详细的规范。
