1.农业生产过程产生的食品安全问题
（1）农业生产过程造成的产品污染
农副产品生产过程需要使用大量化肥、农药和兽药，而化肥、农药和兽药等生产资料因其质量和使用不当都会导致农产品化肥、农药和兽药残留、超标或其他产品安全问题。更为严重的是化肥、农药、兽药残留可存续时间都比较长，不仅造成当季产品安全问题，还将严重污染农业生态环境，造成后续产品污染。
（2）农业生产环境被污染造成的产品污染
农副产品从种养到收获需要经过自然生长过程，其赖以生存的大环境由土壤、水和气候等要素构成。随着我国工业化进程的加快和采掘业的飞速发展，再加上农业生产过程自身形成的化肥、农药、兽药残留污染，我国农业生态环境被破坏的情况越来越严重，部分地区生产环境污染对农产品安全的威胁已经到了严重程度。比如2010年海南水胺硫磷污染就严重影响了当地农业灌溉用水。江河、湖泊、近海等污染已经成为导致食品不安全的重要因素。目前全国已有众多河流、湖泊和近海区域受到不同程度的污染，其中51个湖泊藻类污染及富营养化。根据近日公布的有关数据显示，我国受重金属污染的耕地面积已达2000万公顷，占全国总耕地面积的1/6，这些被污染水体和土壤中的持久性有机污染物和重金属度严重，并且会在农、畜、水产品中富集，进而对人体健康构成严重危害。近来出现的“毒大米”也主要是因生产环境被污染所致。由于食品被污染，进而将会导致微生物及其毒素污染造成的食源性疾病问题，由致病微生物及其毒素引起的食物中毒现象大量存在。比如，沙门菌病、弧菌病、肠出血型大肠杆菌等。化肥、农药残留、超标，兽药、生物激素和生长促进剂等使用不当，以及养殖环境的污染，这种源头性污染都将造成大量含有危害物质的粮食、蔬菜、水果、肉与肉制品、乳及乳制品等不合格产品充斥市场，它将严重危害人体健康。
2.食品加工过程造成的污染
随着生活节奏的加快和农副产品加工业的发展，人们消费食品的习惯逐渐由初级农副产品为主向加工食品过渡，当前加工食品消费占食品消费总量的比重越来越大。而在食品加工过程，因加工设备、加工工序与加工技术落后，以及生产加工企业未能严格按照工艺要求、食品安全标准操作（例如：微生物杀灭不完全导致病原微生物大量繁殖、超量使用、滥用食品添加剂或在食品中非法使用非食品添加剂等），不合理和违法使用色素、添加剂，加工场地的环境严重污染等等都将产生加工过程的污染，影响食品安全，严重的将形成有毒食品。
3.违法生产、经营带来的食品安全问题
当前无证、无照非法生产经营食品问题依然严重，食品弄虚作假屡禁不止。这些违法生产、经营企业法律意识淡漠，重经营轻管理，重生产轻卫生，这种现象如果不能消除将给食品安全带来很大隐患。
（二）流通过程形成的污染
食品从产地到消费者餐桌需要经过收获、加工、包装、储存与运输等多道工序，在这过程中，由于收获、加工时间掌握不好与遭遇不好天气，或使用不合格的包装材料，或储藏不当，或不合理的装运，以及收获、加工、包装、储存与运输设备与技术等等众多因素，都将造成产品腐烂变质或被污染或造成破损等而产生产品安全问题。 三、产生食品安全问题的原因分析
（一）从法律制度和监管层面分析
1.食品安全法律体系不完善
我国有关食品安全的法律体系中存在着诸多弊端和问题，为不少问题食品的产生提供了生存的空间。中国的食品安全法律条文规定得过于笼统，难以操作，并且这些法律法规和标准体系严重滞后。现有的一些食品安全的标准水平规定偏低，许多指标远远低于国际标准，许多重要的标准至今还尚未制定出来，一些现有的标准不统一，这就为那些不法厂商、企业违法生产超低标准、不符合标准的食品提供了可乘之机。
2.食品安全监管制度有缺陷
我国的食品监管一直采取分段管理为主、品种管理为辅的方法，在实际的操作过程中，由于职责不清，各职能部门之间就会出现争着监管和重复执法的现象，或争着不管、相互推诿扯皮的现象。这些现象将导致监管不力和执法不严，从而给某些食品生产经营企业违法生产、销售不合格食品提供了博弈空间。
3.监管人员渎职与腐败
食品安全问题除了违法经营企业和黑心商人的违法犯罪行为以外，还和负有监管职责的行政官员的不负责任、不作为，或者是滥用职权、玩忽职守，或者是收受贿赂、钱权交易，或者是渎职行为有密切关系。这种种行为交织在一起，使食品安全问题更加复杂化，查处起来困难重重，阻力非常大。
