建筑工程施工阶段跟踪审计的重点是：
1、主要针对业主、施工单位、监理单位的各项内控制度提出合理化建议和意见，完善建设项目现场管理制度，如工程签证管理、材料设备采购、价格控制、验收、领用、清点，设计变更管理制度等。
2、主要检查项目概算执行情况，检查该项目相关单位和部门的合同履行情况，检查有无违法转包、分包现象，重点检查：
①工程进度。
②合同实质条款内容发生变更时有无及时签订补充合同。
③有无违法转包、分包现象，检查施工单位是否与合同单位一致。
3、做好隐蔽工程的查看和验收，涉及造价增减的，要做到图片、文字资料齐全，及时办理确认手续并存档。
4、负责对施工单位上报的已完成工作量月报进行审核，并提供当月付款建议书；严格控制管理工程进度款支付审核，坚决杜绝工程款超付现象。
5、积极配合业主，控制、优化工程变更，根据工程用途及市场行情，提出建设性的优化方案。经常深入施工现场，掌握工程进展及变更的落实情况，为准确计量掌握真实资料。
6、检查工程设计变更、施工现场签证手续是否合理、及时、完整、真实。参与工程造价控制的有关会议，参加工地监理例会，提出合理化建议，并收集整理相关会议记录。适时对施工现场进行查勘，核实有关设计变更及签证，及时了解工程情况并进行必要的拍照、摄像，留取证据，确保计量准确和审核完整真实。
7、参与特殊材料、设备的定价工作，并提出合理化建议。
8、按照合同约定，对索赔项目进行审核，合理合法的确认工程投资。各种确认资料及时办理，防止索赔事件的发生。现场资料日清月结，为工程月报的编制及工程现场动态成本控制分析提供准确数据。
9、负责向业主单位、施工单位、监理单位宣传跟踪审计的程序、内容及要求，最大限度地达到控制工程投资的目的。
10、及时核定分阶段完工的分部工程结算，提供完整结算报告。
