你之所以有这种迷惑是因为没有区分同一控制下控股合并和非同一控制下控股合并的处理方法。
我国现行准则规定，个别报表中对非同一控制下企业合并采用购买法。也就是采用支付对价公允确认长期股权投资入账价值。对于支付对价公允大于享有的被投资单位可辨认净资产公允价值份额是合并产生的商誉，这会在在合并财务报表中母公司长期股权投资与子公司所有者权益项目抵消后被确认。
对于同一控制下企业合并的长期股权投资入账价值，等于相对于最终控制方而言的账面价值（其金额等于非同一控制下企业合并将被投资方纳入集团内部时享有的被投资单位可辨认净资产公允价值份额持续计算到同一控制下企业合并时点的账面价值+非同一控制下企业合并产生的商誉，也就是说这里先要根据非同一控制的购买法计算出相对于最终控制方而言的账面价值）。
对于长期股权投资，基本的处理方法是，同一控制下企业合并支付对价看账面；非同一控制，支付对价看公允。
所以，对于你的问题，个别报表中确认的长期股权投资入账价值是支付对价公允。但是，你说的合并成本，并不完全等于上述金额。因为合并成本包括支付的资产、承担债务，还包括或有对价的公允价值（或有对价不符合或有事项确认预计负债条件时个别报表中不予确认，但是计算合并成本需要将其公允价值纳入合并成本）。
