新农合系统是通过组织新农合业务专家与计算机专家对新农合信息化进行综合分析与研究的结果，实现新农合信息化上述总体建设目标，并重点解决如下的难点问题：
1、由于新型农村合作医疗工作开展是近几年提出来的，作为解决“三农”问题的重大国策，国家已经推出了一系列的指导意见和相关政策，并且各级政府部门也每年逐步配套不少财政资金，但总体来说，目前全国的新农合工作还处于逐步试点探索与积累调整的过程，这就给软件需求带来有很多不确定性，因此对新型农村合作医疗信息化管理系统提出了较高的扩展性和灵活调整的要求。
2、由于在农民的医疗补偿问题上，国家只有宏观指导性的意见，各级基层农村医疗管理单位可根据不同地区、不同时期、不同病种、不同的药品使用情况、不同的补偿起付线等各类不同情况，制定不同的补偿办法与政策规则，这就要求应用软件能够适应复杂而且动态的逻辑计算，以完成各类补偿的运算。另外，由于报帐点终端众多，给应用软件提出了电信级并发计算的要求。
3、由于新型农村合作医疗信息化管理系统涉及具体的资金日常出入，且资金交易范围涉及广大农村区域与复杂的环境，需要严谨的保证资金交易的可靠性与安全性。
4、由于新型农村合作医疗信息化管理系统需要完成与各级医院的数据交互，简化农民的获取医疗补偿的程序，实现农民在医院就医时就能够直接完成看病补偿的报销，这就要求系统能够与不同时期建设、采用不同架构与技术开发的医院信息管理系统（HIS）实现快捷、高效、可靠的数据交互。
5、由于各级新型农村合作医疗管理系统之间，新农合系统与各级卫生行政单位的现有其他系统之间有大量的业务与信息交互，需要通过统一门户，实现单点统一登录、权限的统一控制、业务集成等功能。
6、由于新型农村合作医疗工作开展是一个逐步试点发展的过程，各级管理领导需要随时掌握新农合工作的开展情况，应用软件可通过前沿的技术手段为各级领导的总结经验与做出决策提供数据支持。
