应用软件系统包括以下三个层面的功能：
1、新型农村合作医疗统一集成门户平台 门户平台是整个新农合信息系统的统一入口，需要了实现各级新农合业务管理系统与其他相关的卫生行政管理系统的业务集成，实现各类新旧应用系统和异构系统的业务流程整合与业务数据的集成，完成权限统一控制、业务交互、补偿公示、信息交互等一系列功能。
2、新型农村合作医疗业务综合处理平台 集中管理各级农民健康信息和新型农村合作医疗信息，实现人的整个生命周期健康信息的完整记录；采用统一规范化、标准化的设计，实现农民的合作医疗参合管理、各类疾病补偿管理、新农合基金的统筹管理、财务会计核算、综合统计与查询、动态配置与维护等。
3、新型农村合作医疗统一数据中心管理平台 数据中心管理平台实现多数据源存储与管理，各类数据采集，异构数据统一交换等，建立各级新型农村合作医疗基础数据交换平台和建立统一的新型农村合作医疗信息数据库，集中存储管理和利用农民健康信息和新型农村合作医疗信息。
在整个医疗卫生信息平台的数据交换基础上，实现各级新型农村合作医疗管理与经办机构、各级医院、农村卫生服务机构之间医疗卫生信息共享，实现农村群众在各级医院看病时，能够直接获取补偿, 为各级领导提供完整的农民健康信息、疾病信息和新型农村合作医疗信息，为领导决策提供数据支持。
