番茄在育苗过程中如果管理不当，极易引发病害,如猝倒病、立枯病、茎基腐病、根腐疫霉病。带有病菌的秧苗移栽到大田中，影响了番茄的存活率，还会造成番茄蹲苗，损失惨重。
药剂防治：当发现苗床上有少数病株后，应及时拔除。可在苗床上喷洒72.2%霜霉威盐酸盐800倍液+20%噻菌铜600倍液，每隔7～10天喷1次，连续用药2～3次。在秧苗叶片数量达到3~4片时，可根据实际情况淋施"混合氨基酸铜"750倍液，可有效防治根腐、立枯等根部和苗期引起的死苗烂棵病害。
叶面肥：苗期可喷施调节剂，细胞分裂素羟烯腺嘌呤&烯腺嘌呤调节生长，海藻肥或腐殖酸水溶肥壮苗，高氮高磷肥提苗。
