商住两用房属于非住宅建筑，40年产权到期后，要按照当时的政府规划确定，可以继续使用该土地，但是需要交纳一定的土地使用权出让金。
《物权法》第一百四十九条
住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。
非住宅建设用地使用权期间届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋及其他不动产的归属，有约定的，按照约定；没有约定或者约定不明确的，依照法律、行政法规的规定办理。 该条针对的是非住宅用地上房屋的归属的问题处理方法。
《土地法》第五十五条 以出让等有偿使用方式取得国有土地使用权的建设单位，按照国务院规定的标准和办法，缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费和其他费用后，方可使用土地。土地使用权必须由土地使用者支付使用权出让金。
