一、注意汇算清缴的期限
投资者应纳的个人所得税税款，按年计算，分月或者分季预缴。投资者应当在每月或者每季度终了后7日内预缴，年度终了后30日内，投资者向主管税务机关报送《个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税申报表》，并附送年度会计决算报表和预缴个人所得税纳税凭证。年度终了后3个月内汇算清缴，多退少补。所以合伙企业一定要在2010年3月31日前完成个人所得税汇算清缴工作。
二、投资者兴办两或以上企业时的汇算清缴
投资者兴办两个或两个以上企业的，应分别向企业实际经营管理所在地主管税务机关预缴税款。年度终了后办理汇算清缴时，区别不同情况分别处理：
(1)投资者兴办的企业全部是个人独资性质的，分别向各企业的实际经营管理所在地主管税务机关办理年度纳税申报，并依所有企业的经营所得总额确定适用税率，以本企业的经营所得为基础，计算应缴税款，办理汇算清缴;
(2)投资者兴办的企业中有合伙性质的，投资者应向经常居住地主管税务机关申报纳税，办理汇算清缴，但经常居住地与其兴办企业的经营管理所在地不一致的，应选定其参与兴办的某一合伙企业的经营管理所在地为办理年度汇算清缴所在地，并在5年内不得变更。5年后需要变更的，须经原主管税务机关批准。
(3)投资者兴办两个或两个以上企业的，向企业实际经营管理所在地主管税务机关办理年度纳税申报时，应附注从其他企业取得的年度应纳税所得额;其中含有合伙企业的，应报送汇总从所有企业取得的所得情况的《合伙企业投资者个人所得税汇总申报表》，同时附送所有企业的年度会计决算报表和当年度已缴个人所得税纳税凭证。
三、注意汇算清缴年度纳税申报表的选择
实行查帐征收个人所得税的投资者，年度终了后3个月内汇算清缴，要向主管税务机关报送《个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税季度(年度)申报表》，并附送年度会计决算报表和预缴个人所得税纳税凭证，如果合伙企业投资者仅投资一个企业，则只填报本表即可，合伙企业的每位投资者(除法人企业外)均应单独填报，而不是以合伙企业的名义合并填报。
当实行查帐征收的个人独资企业和合伙企业的投资者，兴办两个或两个以上企业，还应当填报《生产、经营所得投资者个人所得税年度汇总申报表》汇总从各个投资企业所分配的生产经营所得和其它所得计算缴纳税款。
当然，在纳税申报表的格式上，各地可能会有所不同，但内容及填报原则基本是一致的。
合伙企业投资者一般情况下大多年所得超过12万元，所以还应当根据《个人所得税》的规定在2010年3月31日前填报(适用于年所得12万元以上的纳税人)《个人所得税纳税申报表》。
四、注意汇算清缴“先分后税”的原则
政策规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。投资者的生产经营所得是指合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额。应纳税所得额的计算即是经纳税调整后的生产经营所得乘以分配比例据以确定。
财税[2008]159号规定，合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：
1.合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额;
2.合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额;
3.协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额;
4.无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
五、注意投资者个人费用扣除标准
财税[2008]65号文件规定，对合伙企业投资者的生产经营所得依法计征个人所得税时，合伙企业投资者本人的费用扣除标准统一确定为24000元/年(2000元/月)。上述标准从2008年3月1日起执行。
假设合伙企业有两个合伙人，则费用扣除标准为：2人×24000元/年=48000元。
假设合伙企业投资者有一个自然人和一个企业法人，则费用扣除标准为24000元。
假设合伙企业投资者兴办两个或两个以上企业的，其准予扣除的个人费用由投资者选择在另外的企业的生产经营所得中扣除，则本企业费用扣除标准为0元，这是应当特别注意的方面，自然人在某企业领取工薪所得，同时兴办另外的个人独资企业或合伙企业的并不鲜见。
六、注意其他成本、费用的扣除标准
财政部 国家税务总局《关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》财税[2008]65号规定：
1、个体工商户、个人独资企业和合伙企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除。
2、个体工商户、个人独资企业和合伙企业拨缴的工会经费、发生的职工福利费、职工教育经费支出分别在工资薪金总额2%、14%、2.5%的标准内据实扣除。
3、个体工商户、个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的广告费和业务宣传费用不超过当年销售(营业)收入15%的部分，可据实扣除;超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
4、个体工商户、个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的与其生产经营业务直接相关的业务招待费支出，按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售(营业)收入的5‰。
