民办非企业单位是利用企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。根据这一概念的界定，民办非企业单位不是企业，更不是经济组织，不具有企业特性和特点的社会服务组织，它具有民间性、社会性、公益性和非营利性特性，其行为特征是体现在提供社会公共服务产品的公益性为宗旨、追求最大化的社会效益和主动承担社会责任为目标。
根据上述对民营经济组织和民办非企业单位的基本界定，可以看出，它们既有相同点，但也有不同点。相同点就是民营经济组织和民办非企业单位，都是利用非国有资产组建成立并运作，体现了“民间”的特点。但是，它们在组织性质、组织特征、组织功能、组织权益、组织政策等五个方面上有着本质的不同：
一、组织性质不同
民营经济组织受《中华人民共和国公司法》及相关法规调节，而民办非企业单位是受《民办非企业单位登记管理暂行条例》等法规调节的，民营经济组织和民办非企业单位，根据上述两个不同的法规体系一经登记，就决定了组织性质的不同，民营经济组织是营利性组织，它的属性为社会经济组织范畴；而民办非企业单位，不是企业，是非营利性组织，它的属性为社会公益组织范畴。
二、组织特征不同
民营经济组织，是从事商品或劳务生产经营活动的经济实体，这是民营经济组织的职业特征，它以赢利为唯一目标，它的行为价值取向是建立在纯粹经济利益关系基础上的，在追逐利润最大化动力的驱使下，来实现出资人和利益相关者的利益目标。民办非企业单位，是从事社会公益活动的非营利性组织，非营利性是民办非企业单位的基本特征，其宗旨主要是承担社会责任，履行社会公益职能，促进公共社会事业的进步与发展。
三、组织功能不同
民营经济组织，由于其职业特征决定了它所从事的活动具有营利性和商品性，其功能反映在行为上的为卖而买，为交换而生产，为社会消费而组织生产和经营。民办非企业单位，由于其非营利性和社会公益性的本质特征，决定了组织角色的社会责任和社会义务，其功能体现在行为上是社会公共产品的创造者、提供者、服务者，不断满足社会服务对象对社会公共产品的需求。同时，通过社会中介、咨询服务，建立诚信评估体系等社会公共平台，为市场经济的发展提供服务。
四、组织的所有者权益不同
民营经济组织与民办非企业单位由于各自的组织性质的不同，决定了它们对组织的所有者权益的不同。民营经济组织的投资者，对投出的资产享有财产权、支配权，在商品经营活动中所创造的盈利，具有资本的所有权，可以用来分配。同时，经营者可以按照资本权力人的意愿，对其经济组织可以出售、转让和赎买，其解体时也可以根据资财提供者或资财的权益人，对剩余资产按比例分配。民办非企业单位，根据《民间非营利组织会计制度》规定：“民间非营利组织不以营利为宗旨和目的；资源提供者向民间非营利组织投入资源不得取得经济回报；资源提供者不享有民间非营利组织的所有权”。因此，民办非企业单位的资源提供者，一经民办非企业单位登记，资源提供者即丧失了其对民办非企业单位的财产权、支配权，其财产的使用只能通过该单位的决策机构集体决定，并按照章程规定的业务范围开展活动，在提供社会公共产品服务时所产生的盈余资产，没有资产的所有权，支配权，更不可以用于成员的分配。终止时，该民办非企业单位原始资产的提供者及其成员不能分享剩余资产，经清算后剩余资产必须继续用于公益事业。对于《民办教育促进法》规定的：出资人举办民办教育机构可以取得合理回报，是有条件的，同时又有限制的。首先出资人必须提出并在办学章程中明确要求取得合理回报，其次民办学校在每个会计年度结束时有办学结余，才能根据国务院的有关规定，按一定比例取得回报。这些规定，虽然明确了资源提供者在出资举办民办教育机构后可以取得合理回报，但仅限于民办教育机构个案，并不具有民间非营利组织特征的普遍性。
五、组织所享受的国家政策不同
由于民营经济组织与民办非企业单位在组织性质、组织特征、组织功能等存在着区别，因而国家在相关政策上对这两类组织有着明显的区别。民营经济组织投资的资金来源主要来自于投资者自身的积累和商品运作的收益，它既不能接受政府的资助和社会的捐赠，也不能承接政府行政体制改革后政府转移的职能，更不能享有国家对从事社会公益事业组织的税收政策的优惠。民办非企业单位的资金来源是多渠道的，它不仅可以是热心于公益事业者的出资，也可以接受政府的资金资助、公益项目支持、承接政府转移的职能和政府购买服务，更可以接受社会各界以及国外资金的捐赠和赞助，同时还能享有国家对其事业的发展所给与的鼓励和扶持的税收优惠政策。如民办的养老机构、民办的教育机构、民办的文化体育机构以及民办的公益服务机构等，不仅能接受政府的资金资助、公益项目支持、政府购买服务和社会各界以及国外资金的捐赠和赞助，还能享受到政府给予的免营业税、所得税的国家税收优惠政策。
