一、民办非企业单位注销时，注册资金处理：
1、在清偿完所有债务（包括员工工资，物业费用等）后可以返回在帐的剩余资金。
2、注册资金必须在公司注销前取出来并销户。
二、民办非企业单位的个人投入资金处理：
1、民办非企业单位的个人投入资金要具体内容具体处理，一般来讲由于是非企业，不做实收资本处理，作为借款处理。剩余财产按有关法律、法规和《章程》规定处理。
2、民办非企业单位举办者对其投入的资产不再拥有财产权和处置权。
3、剩余财产的处理，应当接受业务主管单位、登记管理机关和其他有关机关的监督。
扩展资料：
清算
公司到登记机关办理公司注销程序之前一定要依法进行公司清算，包括终止生产经营销售活动、了结公司事务、了结民事诉讼、清理债权和债务和分配剩余财产等。
公司不论是何性质的清算，均应依下列步骤展开：
1、成立清算组。
2、展开清算工作。
清算组自成立之日起接管公司，开展以下业务： 接管公司财产、了结公司未了业务、收取债权、清理债务、分配剩馀财产、注销公司法人资格并吊销营业执照。
3、通知债权人申报债权。
4、提出清算方案。
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，拟定提出清算方案，报股东会讨论通过或者主管机关确认。 清算方案的主要内容有：清算费用、应支付的职工工资和劳动保险费、应缴纳的税款、清偿公司债务、分配剩馀财产、终结清算工作。
在清算进行完以后，才能进行注销。
参考资料来源：百度百科-公司注销
