征收补偿条例理顺了与拆迁有关的法律关系，然而，补偿协议的性质在实践中却引发了争议。条例第25条规定，房屋征收部门与被征收人就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房等事项订立补偿协议。一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
但条例没有写明提起的诉讼是行政诉讼还是民事诉讼，实践中就产生了一些争议，有的地方作为行政案件受理，有的地方作为民事案件受理。现在面临越来越多这种诉讼，从理论上加以澄清，实践中加以明确，这是非常必要的。
一、到底是行政官司，还是民事官司？
1、在新条例实施前，拆迁人与被拆迁人订立的拆迁补偿安置协议属于民事合同性质，发生纠纷可依法向法院提起民事诉讼，这是很明确的。而在条例实施后，反而变得不明确了。
2、根据条例的规定，房屋征收部门与被征收人订立的补偿协议，涉及协议一方当事人是政府部门，另一方当事人是被征收人，这是不平等主体之间签订的协议，因此，作为行政合同走行政诉讼应当更符合协议的公益性质。
3、国务院法制办的同志认为，单从文字上来理解，更多的是指民事诉讼。我们习惯上说民事诉讼的时候经常说‘诉讼’，需要说清楚的时候说行政复议、行政诉讼。按照这个道理来讲，指的是民事诉讼比较符合我们一贯立法的逻辑。不过，他也承认，补偿协议通常带有公权性质，以民事诉讼来救济，的确对老百姓不太有利。
实际上，在目前的审判实践中，行政和民事两种诉讼形式都有。被征收人对补偿协议不服的以行政诉讼为主，也就是“民告官”；被征收人不履行协议约定义务时，房屋征收部门多以民事诉讼提起诉讼。
二、中国人民大学法学院教授莫于川建议，可以由起诉方来自行选择使用何种诉讼。
1、莫的建议：优先行政诉讼，不排除民事诉讼。为什么？民事诉讼在补偿等问题上更充分一点，而行政诉讼的好处是举证有利于某一方。把更多的选择权留给诉讼参与人，假设我们通过司法解释做出规范化选择的话，应该考虑到有利于被征收人这样一种倾向性来加以规定，同时也还要留下一定的空间。
2、北京市高级人民法院行政庭庭长程琥坦言：基于起诉人的不同而作为行政或者民事两种不同性质的案件处理，这不仅涉及到法院内部的分工，还容易导致裁判标准的不统一，在实践操作中也会产生混乱。
3、中国政法大学终身教授、中国行政法学研究会名誉会长应松年提出了一个解决路径：建立民事、行政混合的审判庭，这个法庭既可办民事案件，又可以办行政案件，尤其是有交叉的案件都交给这个庭来审。
