退回补充侦查的主要原因是检察院认为案件的事实不清、证据不足，其中证据不足包括定罪证据存疑和量刑证据存疑两种情形。
定罪证据存疑，是指证明犯罪嫌疑人实施了犯罪的证据存疑，譬如在故意杀人案件中，指控犯罪嫌疑人杀人的证据不够充分；量刑证据存疑，是指证明与量刑有关的事实的证据存疑，譬如在诈骗案件中，犯罪嫌疑人实施了诈骗的事实清楚，证据确实、充分，但证明诈骗金额的证据存疑。
如果是定罪证据存疑，不符合起诉的条件，检察院机关依法应该作出不起诉决定，譬如在盗窃案件中，证明犯罪嫌疑人实施了盗窃行为的证据不足，检察院机关应该作出不起诉决定。
如果是量刑证据存疑，符合起诉的条件，检察机关依法应该提起公诉，但是鉴于量刑证据存疑，在认定量刑事实时应该作出有利于犯罪嫌疑人的认定。譬如在抢劫案件中，证明犯罪嫌疑人实施了抢劫的证据确实、充分，但抢劫数额巨大的证据不足，在这种情况中，检察机关应该提起公诉，但不认定数额巨大的情节。
此外，检察机关怀疑犯罪嫌疑人还有其它犯罪事实或者怀疑案件还有其它同案犯的情况，也会退回补充侦查，甚至为关联案件的侦查争取时间，也可能会采取技术性退回补充侦查。
扩展资料：
补充侦查完毕移送人民检察院后仍然证据不足，是否不起诉
《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
根据该规定，证据不足的案件，作出不起诉决定的前提是“不符合起诉条件的”。根据《刑事诉讼法》第一百七十六条规定，提起公诉的条件，是“犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应该追究刑事责任的”。
参考资料来源：中国人大网-刑事诉讼法
