有限责任公司的清算一般应经过下列程序：1. 成立清算组。2. 通知或公告债权人，清算组应当在成立之日起10日内通知债权人，并于60日内在报纸上至少公告3次。3. 登记债权。债权人申报期债权，应当说明债权的有关事项，并提供证明材料。清算组应当对债权进行登记。4. 制定清算方案，5. 确定并实施清算方案。6. 清算报告。7. 注销登记并公告。
从这个程序可以看出：债权必须是在清算完成之前主张，如果公司都经过清算并注销，那么债权将得不到保护。而且跟你所述，对方公司已经被注销多年，现在主张债权也已经过了诉讼时效了。
