随着社会主义市场经济改革的不断深入，“举国体制”赖以生存的社会大环境发生了巨大变化，原有的“举国体制”管理模式及运行机制越来越难以适应当前中国社会经济的发展和竞技体育自身孕育的改革需求，运行中存在的问题与缺陷也日益暴露出来，主要表现在以下几个方面：
1.政府包办体育。政府以计划手段配置体育资源，以行政手段管理体育事业，政府既是办体育的主体，又是管体育的主体。这种“管办不分”的体育体制与市场经济下的体育高度社会化和产业化要求背道而驰。
2.机构运行高度依赖于政府行政手段。在“举国体制”下，体育事业主要依靠行政部门层层下达的政策、文件、指示等手段来维持其运行，这显然与市场经济所要求的“小政府，大社会”是不一致的。
3.资金来源高度依赖于计划手段和政府财政投入。中央与各级政府通过财政预算和财政拨款对体育发展提供各级体育部门的行政经费和人员工资福利、国家与省市两级专业运动队的训练比赛经费及运动员薪金福利、体育训练比赛场馆建设经费等等。这造成了体育事业在资金上对国家和政府的严重依赖，抑制了社会办体育的积极性，使得整个体育系统的发展缺乏自我造血功能，发展要求与资金不足的矛盾日益突出。
4.体育人才难以合理流动。教练员、运动员均按行政区划统管理，只能上下调动，横向流动困难。这不仅造成人才资源大量浪费，各地的训练优势无法合理运用，同时还造成全运会等比赛出现大量关于运动员归属与身份的争议，既影响了运动员、教练员的积极性，又与市场经济所要求的人才自由流动原则相悖离。
5.以行政区划为单位参加的全运会与“奥运战略”错位。全运会这一竞赛体制的优点是可以调动“地方”搞体育的积极性，是“举国体制”不可缺少的支柱之一，但由于利益主体的不同，也出现了各地的“全运战略”与国家的“奥运战略”之间的错位现象。
6.运动员退役和再就业问题难以解决。在“举国体制”下，凡入选省市专业运动队的运动员，自入队之日起即计工龄，成为国家正式职工与国家职工享受同样待遇。由于运动员职业的特殊性，这一国家保底的体制在实际运行中存在巨大困难，竞技体育的发展实际上是以大量运动员牺牲自己接受普通国民教育的权利换来的。
