1、区别很大，因为三方协议在在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。而在三方协议终止之后，公司在一个月内与毕业生签订劳动合同。
2、但是在校大学生在校期间还未毕业时，是不适用劳动合同法的！如果你还没毕业，这些你要跟用工单位去谈的。
实际上是没有实习合同这种说法的，因为在校大学生实习期（也就是在校大学生的实习期）只有可能签协议，也就是实习协议。没有五险一金，因为你没毕业，没有就失业证、养老保险手册。即便你去仲裁公司也只能是不予受理或者败诉。
3、三方就业协议书不同于劳动合同：
首先，三方就业协议书是国家教育部统一印制的，主要是明确三方的基本情况及要求。三方就业协议书制定的依据是国家关于高校毕业生就业的法规和规定，有效期为：自签约日起至毕业生到用人单位报到止的这一段时间。而劳动合同是受《劳动法》和《合同法》的限定和保护，有些用人单位如许多外企在确定录用时（注：在到用人单位报到前），就同时要求和毕业生签订一份类似劳动合同的协议；而更多的用人单位则要求先签“就业意向书”，毕业生报到后再签订劳动合同。
其次，就业协议是三方合同，它涉及学校、用人单位、学生等三方面，三方相互关联但彼此独立；而劳动合同是双方合同，它由劳动者和用人单位两方的权利、义务构成。
最后，毕业生签订就业协议时仍然是学生身份，但是签订劳动合同时应当是劳动者身份。劳动合同一经签订，就业协议的效力应当丧失。若劳动合同与三方协议附件内容矛盾，则以劳动合同为准。
