电子政务系统建设原则主要有以下几点：
1．内外网间安全的数据交换原则。电子政务应用中势必存在内网与专网、外网间的信息交换需求，然而基于内网数据保密性的考虑，又不希望内网暴露在对外环境中。解决该问题的有效方式是设置安全岛，通过安全岛来实现内外网间信息的过滤和两个网络间的物理隔离，从而在内外网间实现安全的数据交换。
2．网络域的控制原则。电子政务的网络应该处于严格的控制之下，只有经过认证的设备可以访问网络，并且能明确地限定其访问范围，这对于电子政务的网络安全而言同样十分重要。
3．标准可信时间源的获取原则。政务文件上的时间标记是重要的政策执行依据和凭证，政务信息传递过程中的时间标记又是防止网络欺诈行为的重要指标，同时，时间也是政府各部门协同办公的参照物，因此，电子政务系统需要建立全系统可信、统一的时间源，这是保证电子政务系统不致出现混乱的关键因素。
4．信息传递过程中的加密原则。电子政务应用涵盖政府内部办公和面对公众的信息服务两大方面。就政府内部办公而言，电子政务系统涉及到部门与部门之间、上下级之间、地区与地区间的公文流转，这些公文的信息往往涉及到机密等级的问题，应予以严格保密。
5．操作系统的安全性考虑原则。网络安全的重要基础之一是安全的操作系统，因为所有的政务应用和安全措施(包括防火墙、防病毒、入侵检测等)都依赖操作系统提供底层支持。操作系统的漏洞或配置不当将有可能导致整个安全体系的崩溃。更危险的是，我们无法保证国外厂家的操作系统产品不存在后门。
