土壤砂多泥少，结构较差；漏水漏肥，易遭干旱；土质瘠薄，养分含量少；水土流失严重，土壤耕层浅薄。 土壤原有的耕作层也就是我们说的“熟土”基本上被推成了后墙，棚室内的土壤都是原有耕作层以下的土壤，也就是“生土”。可以适当地改良土壤组成，砂土则应掺入黏土，以改善土质。 大棚土壤中有机质、氮磷钾等营养元素较少，在第一年要加大肥料的施用量，提高土壤肥力。大量施用粪肥等有机肥，但必须经过充分腐熟，均匀撒施后翻耕。鸡鸭等家禽粪肥养分含量高，每亩至少用10方；牛马等家畜粪肥养分含量低，但其中有机质含量高，对于改良土壤效果良好，每亩可施用20立方米。为了提高新建大棚土壤中有机质的含量，改良土壤，施用腐熟秸秆是一个很好的方法。将收获的玉米、小麦等的秸秆切短至5-10cm，浸透，加入秸秆重量3%-5%的尿素或相当数量的其他氮肥，然后加入专用的发酵菌种发酵。在一个月后完全发酵的秸秆就成为了优质的有机肥。尤其对于黏质土壤来说，使用充分腐熟的鸡粪、牛粪等禽畜粪肥和秸秆改土效果非常好。另外，粪肥含氮量较高，在翻耕土壤时应配合施用化学肥料，每亩使用高磷高钾的复合肥80-100公斤，并视当地情况适量施入微肥。
深翻土壤，增施有机肥，可以较好地疏松改良土壤，利于瓜菜根系的生长。撒好肥料后，翻耕土壤时最好不用旋耕机、犁子等农具，尤其是旋耕机，其翻耕土层深度不够。人工用铁锨翻两锨的深度，使翻深达到40-50cm，将施入的肥料深翻均匀。
多施生物菌肥因为是“生土”，土壤中的有害菌少，但有益菌同样缺乏。通过使用生物菌肥，可以快速地补充土壤中的有益菌，使其成为优势群落，促进瓜菜根系的健壮。新建大棚施用生物菌肥的用量较大，最好普施与穴施结合。在翻耕土壤之前，将部分生物菌肥随粪肥等一起撒到棚室内，深翻。定植时，在定植穴内撒上部分菌肥，可起到很好的作用。
