“武侦杀手”事件
东京武侦高校是培养行使武力的侦探——统称“武侦”的特殊学校。侦探科的高二学生远山金次拥有通过“某种契机”使头脑活性化的特殊体质。但他一直隐藏着体质的秘密，只求过上平静的生活。某天他在上学路上被卷入一场爆炸事件中，并邂逅了强袭科的超级精英神崎·H·亚里亚。从那之后，金次的日常生活便与平静无缘——S级的最强武侦亚里亚与金次的“凸凹组合”，面对穷凶极恶的犯罪分子，展开了一场气势恢宏的动作大戏恋爱喜剧。 白雪绑架事件
强袭科的超级精英，S级的最强武侦亚里亚选择了远山金次当她的搭档。这次他们的使命是保护超能力搜查研究科的明日之星——金次的青梅竹马白雪免受诱拐犯魔剑的绑架。因为金次不觉得白雪有危险，便与亚里亚不欢而散。然而，事实却站在了亚里亚这边——白雪被绑架了。面对贞德的魔剑，金次由于缺乏与超能力者的对战经验而处于弱势。终于，白雪终于下定决心，拔出了 峰理子回来了，还提出了一项可疑的委托——“一起当小偷吧”。两人虽然有些犹豫，但还是被她的花言巧语骗上了钩，答应助她一臂之力。任务竟然是从满是机关的洋房中，盗取罗宾家的秘宝。而敌对组织的二号人物，“无限罪的维拉德”也终于登场。 两人决定利用暑假，补修不够的学分。金次看上了“赌场保安”这项理论上微不足道的工作，可亚里亚被“沙砾的魔女”佩特拉的咒弹击中，二十四小时后就要一命呜呼。而阻挡金次去路的是“不可视子弹”的使用者——加奈。 犯罪组织“伊·幽”的首领——“教授”终于现身，他竟是亚里亚心中无可替代的“那个人”。
亚里亚举枪对准金次，难以逃避的命运，挡住二人去路的是预知一切的力量——“条理预知”。然而，这不过是序章的终结。 S级的天才狙击手蕾姬前来挑战金次。两人的实力相差悬殊，蕾姬轻而易举地打败了金次，并强行决定与金次同居。失去了搭档的亚里亚与金次产生了隔阂。接着，决定小队成员编制的“修学旅行I”拉开帷幕。 两人尚未重修旧好。金次把身负重伤的蕾姬留在京都疗养，独自踏上归途返回东京。此时“万武”的魔手再次逼近，使得特快列车失控暴走。以列车为舞台，亚里亚和金次的超高速复仇战即将开幕。 两人瓦解了犯罪组织EU后，间接引发了两大联盟──“师团”和“眷属”的大战。当两人被卷入其中时，一位和亚里亚“关系匪浅”的人物出现在即将举办文化祭的武侦高中？而后，金次慢慢发现到自己在班上被孤立，和亚里亚之间也逐渐有了芥蒂，失去了亚莉亚身旁“属于他”的位置。 紫电魔女，袭来──结束与华生之间的对决后紧接著出现在金次眼前的，居然是叛逃到希尔达麾下的理子。最终金次的呼唤传达到了被希尔达玩弄于股掌间的理子心中。在投身“师团”与“眷属”之战的两人面前，出现了自称GⅢ及GⅣ的双人组合。金次为了拯救被击败的巴斯克维尔成员而赶往事发现场，却被GⅣ唤作“哥哥”接着，她甚至强硬地住进了金次的房间中。当自称是“妹妹”的金女突然来袭，并且住进金次家时，得知此事的巴斯克维尔女性成员们无法保持沉默。于是对金女提出“决斗”的要求。然而金次在这场决斗中，却是选择站在金女这一边。突然间，金次遭到武侦高中退学了。金次虽然平常就日思夜想著要放弃武侦的身分，然而现在却因为不习惯“普通人”的生活而烦恼着，甚至对武侦生活开始感到留恋。而就在这时，过去的老同学所引发的新事件竟降临到他的身上。金次领悟到自己的本质，于是又回到了他曾经一度离开的武侦高中，并再度投身于战争之中。以金次为中心的巴斯克维尔小队决定利用校外教学Ⅱ的机会，进攻突然袭击而来的蓝帮大本营。战争的舞台，就在跨越大海的敌阵。香港篇结束。
以金次为中心的巴斯克维尔小队决定利用校外教学Ⅱ的机会，进攻突然袭击而来的蓝帮大本营。然而曾经一招将G3击倒的孙，再次使出如意棒攻击。前所未有的大危机向金次等人袭来。面对孙悟空的如意棒，金次与亚莉亚联手出击，此时欧洲方面却传来猛烈攻势，德军残党“魔女联队”向金次等人袭来。远山金次虽然在与纳粹德国残党──魔女连队之间的坦克战中险胜，却遭到欧洲战线中拥有绝对强度的“妖”袭击、预告“死亡”。甚至还被本来应该是同伴的师团怀疑是叛徒，让金次只能一个人独自逃亡了。被眷属、师团双方人马盯上，陷入绝境的金次──在逃亡过程中竟遇上了状况与他刚好相反、从眷属逃出来的胆小战士‧丽莎，新的故事由此开始。远山金次在纳粹德国残党的V－2之刑中死而复生，与热沃当之兽‧莉莎一同为了让欧洲战线大逆转而挑起决战。然而，等待著他们的强敌却是与远山一族有着古老恩怨、引发新一波斗争的危险火种。回到日本后，金次与巴斯克维尔小队的成员以及武侦高的朋友们相处的同时，竟让亚莉亚知道了有可能让两人关系破灭的那个“不妥的事实”。知道绯绯色金真面目的亚莉亚之母──神崎香苗接着便命令亚莉亚与金次离别，亚莉亚只好动身前往妹妹梅露爱特所在的祖国──英国。金次则是为了帮助弟弟GⅢ而来到美国，却没想到在再次遇到了超尖端科学兵器的机器少女──LOO。远山金次与GⅢ联手在51区得到璃璃色金后，便转往亚莉亚所在的英国。然而，亚里亚却受提拔为英国王室的R级武侦，变得行动受限。金次为了解开绯绯神之谜而单独拜访亚里亚的妹妹──梅露爱特，没想到英国情报局的某位王牌竟现身刺杀。远山金次从亚莉亚的妹妹──梅露爱特口中得到有关绯绯色金的情报后，核子潜艇伊‧U再度出现在他们眼前。搭乘潜艇的竟是过去曾经战斗过的对手──亚莉亚的曾祖父夏洛克‧福尔摩斯，以及香港的孙悟空──猴。获得他们协助的金次，为了从绯绯神手中拯救亚莉亚而决心与鬼国之王霸美展开决斗。然而，其成果却出人预料。在到达神社后，金次看到的了冲击性的景象。拯救不了被绯绯神占据了身体的亚里亚，白雪拔刀相向。金次为了化不可能为可能而战。色金的真相逐渐明了，堵上世界和平的战争拉开了帷幕。
