不怕得罪这位朋友，老实说，朋友您的这个提问很乱，足见您的相关知识极不成条理，呵呵。因为你将宗教、科学，甚至哲学，都搅在一起了。这是可能得罪您的话。 再来说点可能对您稍有用的话，但我也只是想说个让您更条理地发问及思考的建议。这个建议，就是希望朋友您能首先将上面混在一处、搅成一团的各知识领域适当地做个区分。
大体说来，科学属于经验界的事情，是对经验事实之理的追问。哲学跟宗教则有涉及到超越界的事情，比如哲学究根究底地说就必然要追问万有本体，而宗教也可能有涉对于神或仙的修炼跟信仰，这些都超越了经验理解的范畴，而属于超越界的事情。进一步，哲学跟宗教虽都有涉超越，但也仍是有区别的，即哲学无论如何都是在可理解限度之内的，尽管不必是经验性的理解，而是直下的体悟，比如对于本体的证悟就是如此，但宗教对于神或仙的信仰则不是可理解的事情，而更需要特定的宗教虔诚跟热情。
有了这个基本的分际，您的那些问题才可一步步的提出来了。 进一步，就您所思及的主要问题言，我想这里也确实是有几点可予指明的。第一，道教讲求的是“修真成仙”，“长生不死”，它一般不讲“神”。正因为主旨在全性葆真，乃至修真成仙，所以在道教并不发生在人类未出现时宇宙或者世界是否由神创造或主宰的问题。
在道教，宇宙或者世界就是无始以来即不断变化、不断发展地存在的。 第二，按照佛教义理，无论小乘佛教，还是大乘佛教，都同样没有神仙信仰，罗汉、菩萨乃至佛只是自我义理及修行而获得的相应理地或境界。 第三，无论佛教，还是道教，在中上层社会的义理崇信虽不必有神、佛信仰，但是在民间、在中下层社会，则都是有的。
倘若再考虑到坊间小说一类，则此类信仰就更是盛行。但是，尽管如此，佛、道二教中的神、仙，似乎也从未发生过对于宇宙、世界如何肇始，上古时期由谁统治之类的问题。这说明什么？这说明，下层的民间信仰跟宗教的原旨还是有一定联系的，并不完全脱钩。 第四，对于宇宙洪荒肇始以来的上古世界由何处而来的问题，大概不仅佛、道二教，包括儒学，都是认为宇宙、世界是无始时来就是不断生灭灭生地存在着的。
在这一点上，东方文化大体都不持神、佛、仙的创世说。这不同于基督教的有“上帝创世说”。其原因在哪里？原因就在东方的这三大文化，其创始之初，即佛教、道家与儒家，哲人们都是明确地以一个“人”的身份，来理解宇宙与人生的。这点尤其重要。楼主曾提到的佛教讲因果，道教则以阴阳释宇宙，都是依据的前述模式。
东方文化的这一模式就与基督教、伊斯兰教等宗教不同。后者在创始之初，哲人们往往都是以托言为“先知”或者神在地上的代言人的方式，来宣说相关道理。所以在它们那里，就可能有神来创世乃至治世一说。 有上述四点，则有关佛、道二教对于神与宇宙肇始及上古时期的关系问题可说已基本明了了。
最后一个问题，即科学又算什么？这个问题的答案已不难寻找了，即在神与宇宙肇始关系问题上，科学不算什么!在刚开始时我们已经强调，讨论上述相关问题时对各知识领域必先有所分际，而同时也说明了科学只是追问经验事实之理的学问。所以科学可能会提出一定的科学宇宙论，比如“宇宙大爆炸理论”，又比如宇宙正在不断膨胀放大理论，等等，但这些都与神、仙无关。
神、仙之类的说法，是个人修行、信仰的结果，而科学则是人们对自然事物加以观测、分析和推理的结果。 大体整个相关问题所必须了解的主要义理就在上面了。
