可以二次复函。
国家税务总局关于发布《出口货物税收函调管理办法》的公告
国家税务总局公告2010年第11号
第十四条 对复函类型为“经调查有疑点尚未核查完毕”的，待核查完毕后，必须再次复函，将处理情况及时函告发函机关。复函后发现有与原复函内容不一致的新情况的，也应及时再次函告发函单位。复函以最后一次内容为准。
扩展资料
根据《出口货物税收函调管理办法》
第十二条
此前规定与本办法不一致的,以本办法为准。《国家税务总局关于印发〈出口货物税收函调规定〉的通知》（国税发〔1995〕037号）、《国家税务总局关于严格出口退税审核加强出口货物税收函调工作的通知》（国税明电〔1996〕56号）、
《国家税务总局关于出口货物税收函调问题的补充通知》（国税函〔1998〕406号）、《国家税务总局关于严格加强广东省潮汕地区购进出口货物退（免）税管理的通知》（国税函〔2000〕51号）等文件停止执行。
日前，国家税务总局印发《出口货物税收函调办法》的通知（国税发[2006]165号）指出，从12月1日开始，税务机关将按照新的函调管理办法办理出口退税。
退税部门发现出口货物货源存在疑点，经退税评估分析发现存在异常情况，对供货企业生产、经营及纳税情况有疑问或者发现认为有需要调查的其他情况的四种情形下，将向出口货物供货企业所在地县级以上税务机关发函调查，并依据回函情况进行处理。
未收到回函前，对于尚未办理的退（免）税款，退税部门暂不办理。按照新的规定，回函地税务机关在收到出口货物税收函调后，须派两人以上到出口供货企业进行实地调查，核实其生产经营能力和纳税等情况，并在收到来函后1个月内回函。此外，税务机关对函调涉及的企业特别是多次函调涉及的企业要纳入重点监控企业的范围。
对回函确认存在无生产能力、该批货物增值税专用发票为虚开发票、该批货物中非自产货物的购进业务不真实等情况的供货企业，退税部门不得办理出口退税，对已办理出口退税的，应将出口退税款追回。需要立案查处的，退税部门应及时将有关资料移交稽查部门。
对存在销售的全部货物与其生产能力明显不符，以前有虚开发票行为并正在查处，增值税进项发票是虚假的并正在查处，欠缴增值税、消费税税款及其他需要进一步核查情况的供货企业，退税部门应作为疑点进一步调查核实，在调查核实清楚以前暂不办理出口退税。
