每个人情况不同的，我先来大致聊聊两种顺序的区别，你自己对号入座吧。
1、梵蒂冈博物馆vs圣彼得大教堂
梵蒂冈博物馆是欧洲最值得去的三大博物馆之一，我在看前几个展示厅的时候并没有那么强的感觉，但是看到后面才意识到梵蒂冈博物馆最主要的珍贵亮点在于其内收藏了大量文艺复兴时期大师的原作真品，最为推荐的是拉斐尔的壁画——拉斐尔Room，以及西斯廷大教堂的壁画大作，尤其是米开朗基罗的《创世纪》以及上帝向亚当伸出手那动人心魄的一幕经典。坐在西斯廷教堂仰望天顶环视四周，我真正觉得来对了。
圣彼得大教堂绝对称得上是世界第一的大教堂，毕竟是整个宗教的核心——教皇大人的教堂，那种气势不是一般二般的教堂可以比拟。欧洲有很多壮丽的大教堂，给过我无数惊喜，但是无论见过多少华美的教堂，这座第一的教堂内部当之无愧的宏伟壮观，让我非常惊叹。而且大教堂内还收藏有不少绝世艺术品作装饰，你可以免费近距离欣赏到以前书本上才能看到的米开朗基罗雕塑真品，而他的其它作品例如《大卫》你需要在佛罗伦萨的博物馆花不菲的价钱才能亲见。大教堂强烈推荐必须要入内进去参观。
2、先进入景点的优势
个人认为最大的优势在于先进入景点的时间最能保障。
大教堂和博物馆各有千秋，所以主要看你平时对哪种类型的景点更有兴趣，可以考虑放在前面以保障其游览质量。对于博物馆类景点，不同人的参观时间真是大不相同。有人逛一两个小时就觉得够了；但是如果是我这种人，梵蒂冈博物馆是需要一整天时间都不怎么够的，事实是有几个小的临时展厅我没来得及进去就到了关门时间了。不知道你之前去过法国的卢浮宫之类的博物馆么？你可以以当时用的时间作参考，那里我也是觉得一天不够用的。
所谓排队少其实算不上大的优势。二者在开门前赶到都可以相对节省时间。大教堂在开门时间先进入可以少排队，然后中午时分或者午后去博物馆排队的人会大大减少甚至没人。但是你有没有想过那为什么人们还非要大清早过去博物馆排大队参观？因为只有下午时间不够逛啊！花那么贵的门票只看半天还看不完，谁愿意啊！当然你要是对博物馆一向是走马观花型就不必太在意了。先去博物馆再去大教堂也不错呢，因为博物馆比大教堂关门时间要早，还蛮适合先去的，在大教堂闭馆前再去可以不排队直接安检进入，感觉非常爽。
3、后进入潜在的风险
如果说你为了避免人多，选择在开门的时候去大教堂，其实那会儿时间还是很早的，即使你墨迹参观2-3个小时，出来也不过9-10点，那会儿的梵蒂冈博物馆正是排队高峰，长长的队伍排着绕城堡很远很远是经常有的事。
如果你先去博物馆，这个排队加本身耗时，不小心用掉一天时间是常有的。然后去大教堂都已经下午晚上了，光线快不好了，进教堂前得赶紧先在外面远近拍照就得花时间，进去有可能没逛完就关门了。所以一定要掌握好时间的控制，给自己作严格的提醒，在大教堂关门时间多久之前一定要进入参观。
主要的矛盾焦点在于其实这两个景点都有自己的开放和关闭时间，而且都是非常赞的必去之处，坦白讲一天时间去这两个地方，我一直觉得不太够。
所以，看你自己主要想先保哪个，就先去哪个吧。
祝意大利、梵蒂冈之行愉快！
