铁路法院初建于1954年3月，到1956年初，铁路运输检察院的各级机构普遍建立。主要受理涉及铁路运输、铁路安全、铁路财产的民事诉讼和刑事诉讼。2009年7月8日， 中央下发关于铁路公检法管理体制改革的文件，要求铁路公检法整体纳入国家司法体系，铁路法院整体移交驻在地省（直辖市、自治区）党委、高级人民法院管理。截止2012年6月底，全国铁路法院完成管理体制改革，整体纳入国家司法体系。最高法院《关于全面深化人民法院改革的意见》，即人民法院第四个五年改革纲要（2014--2018）指出，根据中央司法改革精神，铁路法院将改造为跨行政区划法院。即以科学、精简、高效和有利于实现司法公正为原则，探索设立跨行政区划法院，构建普通类型案件在行政区划法院受理、特殊类型案件在跨行政区划法院受理的诉讼格局。将铁路运输法院改造为跨行政区划法院，主要审理跨行政区划案件、重大行政案件、环境资源保护、企业破产、食品药品安全等易受地方因素影响的案件、跨行政区划人民检察院提起公诉的案件和原铁路运输法院受理的刑事、民事案件。目前，北京铁路运输中级法院、上海铁路运输中级法院已经改造为跨行政区划法院，即北京市第四中级人民法院、上海市第三中级人民法院。
