建议不要起诉，根据相关法律规定，理由如下：
1、A公司是母公司B公司是子公司，虽然是独立法人，但仍存在隶属关系，总公司派人到下属公司工作是很正常的事情，就算手续上有不完善的地方，但是没有主观违法意愿，劳动部门在处理这个问题时会站在企业一边，不会支持个人。
2、派遣协议不需要三方签订，A、B公司签订就可以了，员工如果认为自己与A公司签订的劳动合同与实际工作不符，可以拒绝上岗，但是上岗以后不能因此认为公司违法。
3、B公司支付的费用现在无法确定是否为代A公司支付，在这方面员工是无法和企业抗衡的，企业内部随时都可以把账做平，拿出证据证明员工的工资实际是A公司支付的。
综上所述，起诉意义不大。
