增值税发票管理新系统开具增值税发票时，如果纳税人识别号的字母填写成小写，系统会提示识别号有问题，无法开具发票。不知道对方用什么系统开出来的发票。
如果对方开具的发票的纳税人识别号出现小写字母，按照规定是不符合要求的，应该作废重开。
如果是增值税普通发票，说的过去；但如果是增值税专用发票，肯定是不行的，因为即使认证能够通过，但在税局的金三系统进行比对时，会比对不成功，会造成无法抵扣进项税额，必须作废重开。
扩展资料：
增值税一般纳税人在开具增值税专用发票中经常存在开票有误、发生销货退回以及开具发票退回等情况，需要重新开具增值税专用发票。以下就针对几种情况对重新开具专用发票的政策问题进行整理归纳。
收回原发票直接按作废处理，重新开具发票。
这种方式对开票方来说，操作简单，方便快捷。《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的通知》（国税发〔2006〕156号）第十三条规定：
一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。
作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，全联次留存。
但是，税务机关对专用发票的作废条件规定相对严格，必须同时符合以下三个条件：收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；销售方未抄税并且未记账；购买方未认证或者认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
参考资料来源：百度百科-增值税专用发票
