根据上述职责，省卫生厅设15个内设机构： （一）办公室。
综合协调机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案、财务等机关日常运转工作；承担安全保密、来信来访、卫生统计、政务公开等工作。
（二）人事处。
承担机关和直属单位的机构编制、人事管理等工作；拟订全省卫生人才发展规划和政策并指导实施；会同有关方面拟订卫生专业技术人员任职资格标准并组织实施；组织指导卫生管理干部岗位培训工作。
（三）规划财务处。
拟订全省卫生事业中长期发展规划，推动区域卫生规划工作；统筹规划与协调全省卫生资源配置，管理大型医用装备配置；会同有关部门提出医疗服务价格、药品价格、基本医疗保险费用结算等政策的建议；负责卫生专项投资、省级卫生单位基本建设和直属单位国有资产的监督管理；组织拟订全省卫生装备标准和管理办法。
（四）政策法规处。
贯彻落实国家医药卫生体制改革政策，拟订医药卫生改革的具体方案和措施；承担地方性卫生法规规章草案的起草工作，组织拟订卫生政策和标准；承担机关规范性文件的合法性审核工作；承担有关行政复议和行政应诉工作。
（五）公共卫生应急处理办公室(突发公共卫生事件应急指挥中心）。
拟订卫生应急处理和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；组织实施对突发急性传染病的防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等，组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（六）疾病预防控制局（省爱国卫生运动委员会办公室、省地方病防治领导小组办公室）。
拟订全省重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；负责全省疾病预防控制机构的业务技术指导；开展疾病防治监督监测工作；承担发布法定报告传染病疫情信息工作；承办省爱国卫生运动委员会和省地方病防治领导小组的日常工作。
（七）农村卫生管理处。
承担综合管理全省农村基本卫生保健和新型农村合作医疗工作，拟订有关政策、规划并组织实施；指导全省农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；监督指导农村卫生政策的落实。
（八）妇幼保健与社区卫生处。
拟订妇幼卫生、社区卫生、健康教育的政策、规划、规范并组织实施；拟订妇幼卫生技术地方标准；对妇幼保健工作实施监督管理；负责组织严重危害妇女、儿童健康疾病的防治工作。 （九）医政与医疗服务监管处。
拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准并组织指导实施；拟订医务人员执业标准和服务规范；指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等有关工作；参与药品、医疗器械临床试验管理；承担医疗机构医疗服务的监管工作，建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务、财务监督和评价等工作，建立健全以公益性为核心的公立医院监督制度，承担推进公立医院管理体制改革工作。
（十）食品安全综合协调与卫生监督处。
组织拟订食品安全地方标准；承担组织查处食品安全重大事故工作；拟订食品安全检验机构资质认定的条件和检验规范；组织开展食品安全监测、风险评估和预警工作；承担重大食品安全信息发布工作；指导规范卫生行政执法工作；按照职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所、饮用水等的卫生监督管理；负责传染病防治监督；整顿和规范医疗服务市场，组织查处违法行为；督办重大医疗卫生违法案件。
（十一）药物政策与基本药物制度处。
贯彻执行国家基本药物制度，组织实施药品法典和国家基本药物目录；贯彻国家药物政策，组织实施基本药物采购、配送、使用的政策措施，会同有关方面提出基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策。
（十二）科技教育处。
承担拟订全省医药卫生科技发展规划，组织实施重点医药科研攻关项目；指导医疗卫生方面的技术推广和科学普及工作；组织研究地方医学卫生技术标准；承担医药卫生实验室生物安全的监督管理工作；组织指导卫生专业技术岗位培训工作；承担组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
（十三）省中医药管理局。
贯彻执行国家中医药工作方针政策和法律法规，拟订全省中医药事业发展规划和政策标准；承担中医医疗、预防、保健、康复及临床用药等的监督管理责任；负责监督和协调医疗、研究机构的中西医结合工作；组织开展中药资源普查，促进中药资源的保护、开发和合理利用；组织开展对中医古籍的整理研究和中医药文化的继承发展。
（十四）外事处。
负责管理全省卫生外事工作，组织指导全省医疗卫生方面的政府及民间的多边、双边合作交流，协调全省医学领域的国际交流与合作；负责卫生援外工作。
（十五）保健处。
负责全省各级医疗机构干部病房的业务管理，承担重要会议与重大活动的医疗保健有关工作。
离退休工作处 负责机关离退休人员的服务管理工作，指导直属单位离退休人员的服务管理工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。
省纪委（监察厅）派驻省卫生厅纪检组（监察室） 按照《省纪委 省委组织部 省编办 省监察厅关于对省纪委省监察厅派驻机构实行统一管理的实施意见》的规定履行职责。
