（一）办公室
拟订本系统年度工作计划、有关工作制度；组织起草和审核重要文稿；负责机关文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、维稳、应急工作；承担面向社会的税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作；承办网站运行和维护工作；管理机关财务和其他行政事务；组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案的有关事项。
（二）政策法规处
拟订并组织实施本系统依法行政、依法治税工作方案；组织协调涉及多税种、综合性税收政策的落实工作；组织开展综合性税收政策调研；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，并定期进行清理、评估和反馈；承办局外涉及多税种、综合性税收政策文件会办工作；牵头重大税收案件审理及规范税务行政审批工作；承办税收规范性文件的备案备查工作；办理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件。
（三）营业税处
组织实施营业税的征收管理工作，拟订具体的征收管理办法；对执行中的具体业务问题进行解释和处理；参与纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作；负责国际税收具体事项管理工作。
（四）所得税处
组织实施企业所得税、个人所得税、人民教育基金、文化事业建设费以及自治区人民政府授权委托由地方税务部门征收的其他规费和基金的征收管理工作，拟订具体的征收管理政策和办法；对执行中的具体业务问题进行解释和处理；参与纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
（五）财产和行为税处
组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、车船税、印花税、资源税、烟叶税、城市维护建设税、契税、耕地占用税等法律法规规定的地方各税种和教育费附加的征收管理工作，拟订具体的征收管理办法；对执行中的具体业务问题进行解释和处理；参与纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
（六）计划财务处
负责编制地方税收中长期规划，编制、分配和下达年度税收计划任务；监督检查税款缴、退库情况；组织开展税收收入分析预测和重点税源监控管理工作；组织制定并落实税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关制度；承担税收收入数据的综合管理应用工作，对外发布税收收入数据；拟订本系统财务、基建等管理办法；管理地税系统的经费、财务、装备、固定资产；承担政府统一采购工作；审核汇编地税系统的财务预决算；办理各项经费的领拨。
（七）征管和科技发展处
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件；起草综合性地方税收征管规范性文件；拟订地方税收征管的长期规划和综合性方案；组织实施纳税服务体系建设；拟订纳税服务工作规范和操作规程；组织协调、实施面向纳税人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；组织实施税收信用体系建设；指导税收争议的调解；组织落实税收管理信息化建设长期规划、实施方案和相关制度；承办税收管理信息化建设中业务需求整合和流程优化的综合管理工作；承担税收管理信息化制度建设和监督检查。
（八）督察内审处
组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查；组织实施财务管理、基本建设项目、大宗物品采购审计和领导干部经济责任审计工作；组织落实税收执法责任制制度、税收执法过错责任追究制度，承担税收执法质量考核工作；督查落实税收执法检查结论和各类审查结论；负责开展巡视工作，监督检查下一级领导班子及领导干部执行政治纪律、组织纪律、群众工作纪律和党风廉政建设等方面的情况。
（九）政治部
组织落实干部人事制度及系统干部队伍、人才队伍建设规划，拟订具体实施方案；负责本系统的人事、机构编制和公务员管理工作；承担区局机关处级以下干部及下一级领导班子和领导干部及其后备干部的管理、考核及监督等工作；负责监督检查系统各项人事规章制度落实执行情况；办理出国政审事项。组织实施地税系统思想政治工作、精神文明建设、税务文化建设、党群工作和基层建设；负责本系统干部的教育培训等管理工作。
机关党委 负责自治区地方税务局机关和直属单位的党群工作。
监察室（与纪检组合署办公） 为自治区纪委（监察厅）派驻机构，负责机关和所属单位党的纪律检查和行政监察工作。
离退休干部工作处 负责自治区地方税务局机关离退休干部的管理及服务工作。 地州市局：乌鲁木齐市地税局、伊犁哈萨克自治州地税局 、昌吉州地税局、阿克苏地区地税局、、阿勒泰地税局、巴音郭楞蒙古自治州地税局、博尔塔拉蒙古自治州地税局、克孜勒苏柯尔克孜自治州地税局、克拉玛依市地税局 、石河子地税局、图木舒克市地税局、图木舒克市地税局、五家渠市地税局、哈密地区地税局 、塔城地区地税局、吐鲁番地区地税局、喀什地区地税局、和田地区地税局、图木舒克市地税局、图木舒克市地税局、五家渠市地税局、米东区地税局。
直属局：自治区地税局稽查局、自治区地税局直属直收局。
