美军开始定的目标是广岛、长崎、京都、小仓四座城．后来美军出于人道主义考虑把京都从目标中划除，确定第一目标广岛，第二目标小仓，第三目标长崎．美军开始想在小仓投放第二颗原子弹由于当天小仓云层过厚，无法投弹，所以飞行员紧急改飞长崎，飞到长崎后同样是多云天气，机长下令雷达投弹，但云层突然裂开一条缝，下面是长崎的第二目标三菱重工，所以美军毫不迟疑投弹。引爆原子弹。天要灭长崎，谁也没办法．
当时广岛是日军第二方面军司令部驻地，集结了实力可观的防御部队，而长崎是日本当时的工业中心，有两个重要的兵工厂．两个城市的兵工厂和部队配置与市中心．小仓也是日本重要的军事基地和工业基地．至于东京，1945年3月开始的李梅火攻已烧毁东京大部分建筑，第一次李梅火攻出动335架B-29，投弹2339吨，使整个东京东区只有3根电线杆还站着。死6万，伤10万，失踪8万，所以对东京投掷原子弹价值不大，其次，原子弹在东京爆炸可能会伤害到天皇，天皇是美国重点”保护动物“用麦克阿瑟的话说”还有用处“，杜立特第一次轰炸东京就下令机组严禁轰炸东京皇宫，因为他在1940年不列颠之战中在伦敦，亲眼目睹白金汉宫被炸后英国的愤慨。现在同样，美军即将在日本本土登陆，美军担心杀掉天皇会激起日本的怒火，使美军伤亡加大。从以上原因不能轰炸东京．
