不完全一样的。公司是依照公司法在中国境内设立的是以营利为目的的企业法人，注册需要材料：法定代表人、财务、监事的身份证原件，有股东也要股东身份证，公司章程、经营场所的地址证明文件（房产证复印件、购房合同或者租赁合同等，村委小区开的证明也可以），还有5-10个公司名称等。
注册公司的一般流程包括：
1、进行公司名称核名；
2、核名通过后申办营业执照；
3、拿到营业执照后，去已经备案的刻章点刻章；
4、到税务部门备案登记；
5、到银行开立基本户。
民办非企业单位是企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。这里就可以看出区别了，一个主要目的是盈利、赚钱，一个主要目的是为社会服务。
民办非企业单位的办理条件比注册一般公司要严格：
1、经业务主管单位审查同意，并有正式文件批准；
2、有规范的名称，且名称符合国务院民政部门制定的《民办非企业单位名称管理暂行规定》
3、有必要的组织机构；
4、有与其业务活动相适应的从业人员；
5、有与其业务活动相适应的合法财产，且其合法财产中的非国有资产份额不得低于总财产的三分之二。开办资金必须达到本行（事）业所规定的最低限额；
6、有与其业务相适应的必要的场所和设备、设施，且活动场所须有产权证明或一年期以上的使用权证明。
