6月14日晚，香港立法会以40票支持、20票反对、1票弃权，三读通过“一地两检”方案，这意味着，方案将被写进香港法律，高铁香港段法律问题得到解决。根据方案，广深港高铁将在香港西九龙站同时进行香港及内地的清关、出入境及检疫手续。
所谓"一地两检"就是在同一地方依序办理两个不同管辖区的通关程序（相比传统的两地两检，则是在出发地和目的地分别办理该地所属管辖区的通关程序）。
根据“一地两检”的规定，香港的西九龙站将会划分“香港口岸区”和“内地口岸区”。北上前往内地的乘客将在“香港口岸区”办理香港出境程序之后，到“内地口岸区”办理内地入境程序。而由内地进入香港的乘客，则在“内地口岸区”办理出境程序之后，到“香港口岸区”办理内地入境程序。
从法律意义上来说，乘客在进入“内地口岸区”的时候，已经进入内地管辖范围，在这个区域内，将由内地执法人员实行内地法律，在"香港口岸区"则由香港执法人员实行香港法律。
