1、组织评价的单位不同
中国科学技术信息研究所出版的“中国科技论文统计源期刊”，又称“中国科技核心期刊”，学科范畴主要为自然科学领域，是目前国内比较公认的科技统计源期刊目录。受科技部委托，权威性名列国内首位。
中文核心期刊是北京大学图书馆联合众多学术界权威专家鉴定，目前受到了学术界的广泛认同。从影响力来讲，其等级属同类划分中较权威的一种，是除南大核心、中国科学引文数据库（cscd）以外学术影响力最权威的一种。
2、评选方法不同
根据来源期刊的引文数据，进行规范化处理，计算各种期刊总被引频次、影响因子、即年指标、被引半衰期、论文地区分布数、基金论文数和自引总引比等项科技期刊评价指标，并按照期刊的所属学科、影响因子、总被引频次和期刊字顺分别进行排序。
核心期刊定量评价，采用了被索量、被摘量、被引量、他引量、被摘率、影响因子、被国内外重要检索工具收录、基金论文比、Web下载量等9个评价指标，选作评价指标统计源的数据库及文摘刊物达60余种，统计文献量达221177余万篇次（2006至2008年），涉及期刊14400余种。
3、领域不同
中文核心：《中文核心期刊目录总览》由北京大学图书馆和北京高校图书馆期刊工作研究会主持。包括各个学科领域。
中国科技核心：中国科学技术信息研究所出版的“中国科技论文统计源期刊”，又称“中国科技核心期刊”，学科范畴主要为自然科学领域，是目前国内比较公认的科技统计源期刊目录。因其受科技部委托，带有官方色彩，权威性名列国内首位。
参考资料来源：百度百科-中国科技核心期刊
参考资料来源：百度百科-中文核心期刊
