（一）内部控制目标过于单一
内部控制的根本在于内部控制目标的定位。内部控制目标要求企业将近期利益与长远利益结合起来，在企业经营管理中做出符合战略要求，有利于企业提升可持续发展的能力和创造长久价值的策略选择。然而实践中，企业在制定内部控制制度时，往往把目标仅局限于杜绝可能发生的一些舞弊、错误上，使得目标过于单一。
（二）内部控制环境不完善
内部控制环境规定企业的纪律和构架，影响经营管理目标的制定，塑造企业文化氛围并影响员工的控制意识，是企业建立和实施内部控制的基础。目前企业内部环境或多或少存在着组织结构不合理、风险管理意识薄弱、内部审计缺乏独立性、忽视企业文化建设等问题，使得内部控制的作用不能有效发挥，严重影响企业的健康发展。
（三）内部控制制度不健全
我国有很多企业建立的内部控制制度存在着内容不完整、设计不合理等问题，部分企业甚至根本没意识到内部控制制度的重要性，未制定内部控制制度，还有更多的企业已经制定了企业内部控制制度，但仅作为应付上级部门检查用，失去了制度的刚性和严肃性，使制度流于形式，致使出现问题后常常是互相推卸责任。
（四）内部控制评价不够重视
企业往往没有考虑内部控制对企业的长效作用，认为评价内部控制投入过大而不能实现收益，所以不值得对内部控制的评价。或者缺乏评价主体的层次，只有中间管理层和内部审计部门参与评价，高层领导和基层员工参与度较低，这种中层管理层既是裁判员又是运动员的评价主体，容易造成内部控制评价结果缺乏权威性。
