医疗开支过度成长：针对医疗开支过度成长的问题，健保局引入健保总额支付制度来控制财务风险。亦即健保局不再全额给付医疗院所的医疗支出费用，而是在事前划定一个医疗支出费用的总额，由医疗院所各自申请後，若申请总额低於原订总额则全额给付，若申请总额高於原订总额，则按比例打折给付。这个措施延缓了全民健保的破产危机，然而非经济因素造成的财务问题却还是无解。
保费结构不良：以身份别、纳保薪资为基础的保费结构延续了早年政府照顾劳工、农民、军公教人员的政策，会产生军公教的保费偏低的问题。使得以工薪为主要收入等工商阶层实质上负担较高的保险费用，形成由受薪阶级负担全民健康的不公平现象。
以上两点是引用自维基百科，一般民众直观看到的，因为看诊更加便宜，民众只要身体出一点小状况就会去看医生，这时医生只要有开药就可以向健保局申请健保补助，实际上健保收入一直是入不敷出的。
