苦荬菜常见病害为立枯病，真菌性病害，主要为害幼苗。发病初期植株表现为长势衰减，叶片轻度失水，植株萎蔫下垂，严重的造成植株枯死。检查染病植株的茎基部，初期表现为水渍状，后病变部位变为褐色立枯状。
防治方法：①苗床的选择和管理：苗床应选择地势高、地下水位低、排灌良好的地方。如用老苗床应对床土进行消毒。种子催芽时间不宜过长，以免幼苗长势过于细弱。控制苗床温、湿度，冬、春育苗应改善苗床内光照条件，及时拔除病苗。②种子处理：播种前进行温汤浸种10～15分钟，或用50%福美双可湿性粉剂或65%的代森锌可湿性粉剂浸种，药量为用种量的0.3%。③药剂防治：发现病苗后，用75%百菌清可湿性粉剂600倍液或64%的杀毒矾可湿性粉剂500倍液，每7～10天喷1次，连续2或3次。
苦荬菜的常见虫害为菜粉蝶，幼虫称菜青虫。此虫为寡食性害虫，1～2龄幼虫只啃食叶肉，3龄以上幼虫将叶片吃成缺刻，严重时只剩下叶脉和叶柄。
防治方法：①收获后及时清除田间病残老叶，深翻土壤，消灭越冬蛹或非越冬蛹。②春季栽培早熟品种，进行地膜覆盖，争取在虫害盛行期之前收获完成。③利用广赤眼蜂、凤蝶金小蜂、长脚胡蜂等昆虫进行生物防治。④药剂防治：在幼龄期及时喷施农药防治，常用药剂有苏云金杆菌500～1000倍液、灭幼脲1号、灭幼脲3号500～1000倍液、2.5%溴氢菊酯2500～4000倍液、90%敌百虫800倍液等。
