国家对合作社的惠农政策多杂，按照惠农政策的涵盖范围及其特点，农合专家把这些政策分为三大类：优惠政策、补贴类政策、专项扶持类政策。
1、优惠政策
涉农企业或者合作社可以享有的税收减免、用水用电优惠等其他的优惠政策类。优惠政策主要有以下几项：
(1)购机优惠
2012年全国农机购置补贴资金215亿元，约30%用于支持合作社购置农机装备。
(2)土地流转优惠
部分地区对合作社土地流转优惠补贴，十八届三中全会鼓励土地向合作社流转，静待以后各地出台土地优惠政策。
(3)税收优惠
一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。
对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，免征增值税，生鲜农产品流通环节税费减免政策。
合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税;对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。
(4)用电用水优惠
规模化生猪、蔬菜等生产的用水、用电与农业同价;电力部门对粮食烘干机械用电按农业生产用电价格从低执行的政策。
2、补贴类政策
国家给予农业企业或合作社贷款补贴、购机补贴、种粮补贴及农资综合补贴等，从2003年开始，主要的农业补贴有：
2003年开始，国家对种粮农民实行直接补贴及农资综合补贴。
2007年开始，生猪标准化规模养殖场(小区)建设，农业保险保费补贴试点。
2008年，对粮食大户的奖励政策，继续实行粮食最低收购政策，奶牛标准化规模养殖小区建设。
2012年，肉羊肉牛标准化规模养殖场(小区)，畜禽养殖场进行标准化改造。
2013年，继续完善农业保险保费补贴政策。增加农业保险品种，开展农作物制种、渔业、农机、农房保险和重点国有林区森林保险保费补贴试点，增加农业保险品种。
2014年，将加大对专业大户、家庭农场和农民合作社等新型农业经营主体的支持力度，实行新增补贴向专业大户、家庭农场和农民合作社倾斜政策。鼓励和支持承包土地向专业大户、家庭农场、农民合作社流转，发展多种形式的适度规模经营。
2015年，深化农村改革、支持粮食生产、提高小麦水稻最低收购价、产粮(油)大县奖励政策生猪大县奖励、农产品目标价格政策、畜牧良种、其他，农资综合补贴、退耕还林补贴、草原生态保护补助等等。
3、专项扶持
国家为扶持某些产业拿出专项资金，扶持资金力度大，覆盖范围相对较小，需要在项目通知后申报争取。我国主要有以下几种专项扶持：
1月，农业综合开发贷款贴息项目，要求单笔贷款不低于100万，不高于6000万。
2月，农村金融机构定向费用补贴资金项目，当年贷款平均余额的2%给予补贴。
3月底前后，农业综合开发产业化经营项目、土地治理项目，扶持资金80-160万。
4月底前后，农村幸福院项目资金3万元，新网工程项目，扶持资金200-400万。
3-5月，规模化养殖场、养殖小区、集中供气等沼气工程项目，扶持资金20-80万。
6月前后，科普惠农项目，扶持资金10-40万。
8月左右，“菜篮子”产品生产扶持项目，扶持资金100万左右。
10月底前，农业综合开发产业化经营项目财政补助项目、龙头企业带动产业发展和“一县一特”产业发展试点项目，扶持资金龙头企业100-300万，合作社50-150万。
9-11月，各省农技推广项目，扶持资金、中央投资专项资金项目。
财政支农文本常年申报，合作社自身建设、配套服务设施等，扶持资金10-100万。
另外，扶贫办带动农民增收性强的农产品加工产业项目，扶持资金500元，视情况而定。
