注册农业合作社有如下优惠：
1、合作社销售成员的产品视同农户自产自销；
2、增值税一般纳税人从合作社购买产品可以按照13%进行进项税抵扣；
3、每年国家都会下拨一部分资金对合作业进行帮扶；
4、国家可以根据你合作社的性质、特点、规模等支持一部分无息贷款，一般情况可以使用3年，无息贷款使用时是先垫付贷款利息，然后凭还款票据再到财政局报帐。
5、合作社向成员提供农资免征增值税；
6、合作社与成员签定的产品销售合同，免征印花税；
7、提供优质金融服务。将开展农民专业合作社的信用等级评定，对于在工商行政部门登记的农民专业合作社，在各种贴息贷款项目和小额贷款上给予倾斜。农村信用社将积极调整信贷结构，合理安排资金，对规范经营、符合贷款条件、生产经营正常、经营收入稳定、有还款能力的农民专业合作社，优先给予贷款支持。
8、提升农民专业合作社经营能力。鼓励有一定生产经营规模和出口实力的农民专业合作社，向当地市外经贸行政部门申请办理对外贸易经营者备案登记，积极拓展国外市场。
9、合作社享受某一些农产品的直补金。（国家和地方），比如水稻、油菜等。
