劳务派遣员工的薪资是由用人单位申报个人所得税。
劳动派遣员工是与用人单位之间建立劳动关系，而不是用工单位。其薪资发放是由用人单位支付的，个税也是由用人单位代缴的。
劳务派遣员工与用工单位签订的劳务派遣用工协议，应当由用工单位向用人单位收取用工费用，按约定的部分支付给劳务派遣员工。则对用工单位来说，按全额确认收入，按支付给劳务派遣员工的为成本，增值税按差额征收，则劳务派遣员工的个税应当由用工单位申报个税。
扩展资料：
劳务派遣单位就是与被派遣员工签订劳动合同，建立劳动关系，承担《劳动法》上义务的用人单位。
劳务派遣单位虽然没有实际指挥被派遣员工进行劳动，而只是将 被派遣员工组织起来，统一管理，并根据用工单位的要求安排被派遣员工前往进行工作。
但是，由于劳务派遣单位实际与被派遣员工签订了劳动合同，建立了劳动关 系，在《劳动法》上，劳务派遣单位就是与被派遣员工相对的用人单位一方，并须依照《劳动法》和《劳动合同法》的规定对被派遣员工承担义务。
从劳动法的角度，应当由用工单位（即劳务公司）申报个税，根据劳动关系来确定
法律依据：《工资支付暂行规定》
第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
参考资料来源：工资支付暂行规定 -百度百科
参考资料来源：劳动法-中华人民共和国政府网
