食品经营许可证与食品流通许可证的区别如下：
1、2015年10月1日食药局发布的《食品经营许可管理办法》正式实施，食品流通许可证和餐饮服务许可证合并为食品经营许可证。
2、食品流通许可证是以前做食品批发、零售需要办理的，不包括食品加工。
食品经营许可证是包括不需要拿食品生产许可证的小作坊、餐馆、糕点铺和经营批发、零售的商店等。
3、《食品经营许可证》启用后，《食品流通许可证》和《餐饮服务许可证》将同时停止发放，仍在有效期内的证书可继续使用，今后新申请从事食品经营活动和原证到期、变更需换证的，一律发放《食品经营许可证》。
拓展资料：
申请食品经营许可，应当按照食品经营主体业态和经营项目分类提出。
食品经营主体业态分为食品销售经营者、餐饮服务经营者、单位食堂。食品经营者申请通过网络经营、建立中央厨房或者从事集体用餐配送的，应当在主体业态后以括号标注。
食品经营项目分为预包装食品销售（含冷藏冷冻食品、不含冷藏冷冻食品）、散装食品销售（含冷藏冷冻食品、不含冷藏冷冻食品）、特殊食品销售（保健食品、特殊医学用途配方食品、婴幼儿配方乳粉、其他婴幼儿配方食品）、其他类食品销售；热食类食品制售、冷食类食品制售、生食类食品制售、糕点类食品制售、自制饮品制售、其他类食品制售等。
列入其他类食品销售和其他类食品制售的具体品种应当报国家食品药品监督管理总局批准后执行，并明确标注。具有热、冷、生、固态、液态等多种情形,难以明确归类的食品，可以按照食品安全风险等级最高的情形进行归类。
国家食品药品监督管理总局可以根据监督管理工作需要对食品经营项目类别进行调整。
参考资料来源：
