区别：旗为内蒙古自治区特有的县级行政区，即行政地位与县相同。
在满族是军队编制单位名称。
（1）明代军队实行卫所编制，每百户所统兵112人，编为两个总旗，每个总旗分编为5个小旗。明代次戚继光创制步、骑兵编制单位，在基层编制中有局、旗、队三级，每局辖三旗，每旗统兵36人，编成三队，每队兵或骑兵12人。
（2）清代初期，实行军政合一的八旗制度，以不同颜色的旗来区分军队。八旗指：正黄旗、镶黄旗、正白旗、正蓝旗、镶白旗、正红旗、镶红旗、镶蓝旗。旗本为满语“固山”的汉名，是清朝八旗兵的最大编制单位，区分有满洲八旗、蒙古八旗和汉军八旗。
（3）清朝太平天国、捻军起义时，均曾以旗作为编制单位。太平天国翼王石达开率太平军远征后，新改军队单位名称有旗，如后旗、右一旗等；捻军曾将军队按总旗、大旗和小旗三级编制，各级并无固定员额。
蒙古四十九旗:
内蒙古六盟四十九旗 漠南蒙古藩封 科尔沁六旗，亲王四人，郡王四人，贝勒二人，贝子一人，镇国公二人，辅国公六人；
扎赉特一旗，贝勒一人；
杜尔伯特一旗，贝子一人；
郭尔罗斯二旗，镇国公一人，辅国公一人，一等台吉一人：四部十旗为一会盟于哲里穆。
敖罕一旗，郡王一人，贝子一人，辅国公一人；
奈曼一旗，郡王一人；
翁牛特二旗，郡王一人，贝勒一人，贝子一人，镇国公一人；
巴林二旗，郡王二人，贝子二人，镇国公一人；
扎鲁特二旗，贝勒二人，镇国公一人；
喀尔喀左翼一旗，贝子一人；
阿禄科尔沁一旗，贝勒一人；
克西克腾一旗，一等台吉一人：八部十一旗为一会盟于召乌达。
喀喇沁三旗，郡王一人，贝子一人，国公一人，辅国公二人，一等塔布囊一人；
土默特二旗，贝勒一人，贝子一人，附喀尔喀贝勒一人：二部五旗为一会盟于卓索图。
乌珠穆秦二旗，亲王一人，郡王一人，贝勒一人，镇国公一人，辅国公一人；
阿霸垓二旗，郡王一人，贝子一人，辅国公一人；
蒿齐忒二旗，郡王二人； 苏尼特二旗，郡王二人，贝子一人，辅国公一人；
阿霸哈纳尔二旗，贝勒一人，贝子一人：五部十旗为一会盟于锡林。
四子部落一旗，郡王一人；
喀尔喀右翼一旗，贝勒一人，贝子一人，辅国公一人；
毛明安一旗，贝勒一人，一等台吉一人；
乌喇特三旗，镇国公一人，辅国公一人：四部六旗为一会盟于乌兰察布。
鄂尔多斯七旗，郡王一人，贝勒二人，贝子三人，辅国公一人，一等台吉（各）一人，自为一会盟于伊克召。每会设盟长一人，副盟长一人。
惟归化城土默特会盟，不设盟长，均集于本城，听简命大臣裁定。
